metaseqR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.metaseqR2

这是发展metaseqR2版本;稳定的发布版本,请参阅metaseqR2。

R包RNA-Seq数据的分析和结果报告通过结合多个统计算法

Bioconductor版本:发展(3.16)

提供了一个接口几个正常化RNA-Seq基因表达数据和统计测试包。此外,它创造了几次诊断阴谋,执行combinining荟萃分析的几个统计测试的结果和报告结果以互动的方式。

作者:Panagiotis Moulos (aut (cre)

维护人员:Panagiotis Moulos < Moulos在fleming.gr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“metaseqR2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metaseqR2”)

HTML	R脚本	构建一个metaseqR2注释数据库
HTML	R脚本	与metaseqR2 RNA-Seq数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,AlternativeSplicing,BatchEffect,贝叶斯,BiomedicalInformatics,CellBiology,ChIPSeq,聚类,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,预处理,ProprietaryPlatforms,质量控制,RNASeq,回归,ReportWriting,测序,软件,SystemsBiology,TimeCourse,转录,转录组,WorkflowStep
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0.0),DESeq2,limma,locfit,样条函数
进口	ABSSeq,baySeq,Biobase,BiocGenerics,BiocParallel,biomaRt,Biostrings,corrplot,DSS,DT,EDASeq,刨边机,genefilter,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,gplots、图形、grDevicesharmonicmeanp,的热图,htmltools,httr,IRanges,jsonlite,晶格,log4r,magrittr,质量,矩阵、方法、NBPSeq,老鸨平行,qvalue,rmarkdown,rmdformats,Rsamtools,RSQLite,rtracklayer,S4Vectors统计数据,stringr,SummarizedExperiment,survcomp跑龙套,维恩图,vsn,yaml,动物园
链接
建议	BiocManager,BSgenome,knitr,RMySQL,RUnit
SystemRequirements
增强了	移行细胞癌
URL	http://www.fleming.gr
BugReports	https://github.com/pmoulos/metaseqR2/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metaseqR2_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	metaseqR2_1.9.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	metaseqR2_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metaseqR2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metaseqR2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metaseqR2/
包下载报告	下载数据