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- Bioconductor 3.16
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mCSEA
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DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA
甲基化组论文认定富集分析
Bioconductor版本:版本(3.16)
识别diferentially甲基化区域(dmr)预定义区域(启动子、CpG群岛…)使用Illumina公司从人类基因组的450 k或史诗微阵列数据。提供的方法排列CpG探测器基于线性模型,包括绘图功能。
作者:乔迪Martorell-Marugan和佩德罗Carmona-Saez
维护人员:乔迪Martorell-Marugan < jmartorellm gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“mCSEA”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mCSEA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“mCSEA”)
| R脚本 | 预定义的dmr认同mCSEA包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,遗传学,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,软件,TwoChannel |
| 版本 | 1.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (> = 3.5),mCSEAdata,Homo.sapiens |
| 进口 | biomaRt,fgsea,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2、图形、grDevicesGviz,IRanges,limma、方法、并行S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | Biobase,BiocGenerics,BiocStyle,FlowSorted.Blood.450k,knitr,leukemiasEset,minfi,minfiData,rmarkdown,RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | shinyepico |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | mCSEA_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | mCSEA_1.18.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | mCSEA_1.18.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | mCSEA_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mCSEA |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/mCSEA/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
