mCSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA

甲基化组论文认定富集分析

Bioconductor版本:版本(3.16)

识别diferentially甲基化区域(dmr)预定义区域(启动子、CpG群岛…)使用Illumina公司从人类基因组的450 k或史诗微阵列数据。提供的方法排列CpG探测器基于线性模型,包括绘图功能。

作者:乔迪Martorell-Marugan和佩德罗Carmona-Saez

维护人员:乔迪Martorell-Marugan < jmartorellm gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“mCSEA”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“mCSEA”)

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细节

biocViews DNAMethylation,DifferentialMethylation,表观遗传学,遗传学,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,软件,TwoChannel
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.5),mCSEAdata,Homo.sapiens
进口 biomaRt,fgsea,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2、图形、grDevicesGviz,IRanges,limma、方法、并行S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
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包档案

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源包 mCSEA_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 mCSEA_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) mCSEA_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) mCSEA_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ mCSEA
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/mCSEA/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/
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