katdetectr

DOI:10.18129 / B9.bioc.katdetectr

测序数据中Kataegis的检测、表征和可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Kataegis是指区域超突变的发生，是一种在广泛恶性肿瘤中观察到的现象。使用变化点检测katdetectr旨在从包含基因组变异的常见数据格式中识别假定的kataegis焦点。Katdetectr已被证明是一个强大的包的检测，表征和可视化的kataegis。

作者:Daan Hazelaar [aut, cre]，乔布·范·里埃特[au]，哈曼·凡·德·维尔肯[ths]

维护者:Daan Hazelaar

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("katdetectr")

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文档

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browseVignettes(“katdetectr”)

超文本标记语言	R脚本	Overview_katdetectr
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation，WholeGenome
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.2)
进口	BiocParallel(> = 1.26.2),changepoint(> = 2.2.3),changepoint.np(> = 1.0.3),使彻底失败(> = 2.0.0),dplyr(> = 1.0.8),GenomicRanges(> = 1.44.0),GenomeInfoDb(> = 1.28.4),IRanges(> = 2.26.0),maftools(>= 2.10.5)，方法(>= 4.1.3)，rlang(> = 1.0.2中),S4Vectors(> = 0.30.2),宠物猫(> = 3.1.6),VariantAnnotation(> = 1.38.0),Biobase(> = 2.54.0),Rdpack(> = 2.3.1),ggplot2(> = 3.3.5),tidyr(> = 1.2.0),BSgenome(> = 1.62.0),ggtext(> = 0.1.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 3),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38(> = 1.4.4),plyranges(> = 1.17.0)
链接
建议	尺度(> = 1.2.0),knitr(> = 1.37),rmarkdown(> = 2.13),testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/katdetectr
BugReports	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/katdetectr/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	katdetectr_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	katdetectr_1.0.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	katdetectr_1.0.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	katdetectr_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/katdetectr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/katdetectr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/katdetectr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/katdetectr/
软件包下载报告	下载数据