igvR

DOI:10.18129 / B9.bioc.igvR

igvR:整合基因组viewer

Bioconductor版本:发行版(3.16)

访问igv.js，在web浏览器中运行的整合基因组学查看器。

作者:保罗·香农

维护者:Paul Shannon < Paul .thurmond。香农在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“igvR”)

超文本标记语言	R脚本	探索CTCF ChIP-seq比对，MACS2窄峰，Motif匹配和H3K4me3甲基化
超文本标记语言	R脚本	GWAS跟踪
超文本标记语言	R脚本	简介:一个简单的演示
超文本标记语言	R脚本	从AnnotationHub获取并显示H3K27ac K562轨道
超文本标记语言	R脚本	从UCSC表格浏览器获取和显示H3K4Me3 K562轨道
超文本标记语言	R脚本	成对的交互轨道
超文本标记语言	R脚本	使用自定义基因组
超文本标记语言	R脚本	使用库存基因组
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GenomeBrowsers，软件，ThirdPartyClient，可视化
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，GenomicAlignments，BrowserViz(> = 2.17.1)
进口	方法,BiocGenerics，httpuv跑龙套,rtracklayer，VariantAnnotation，RColorBrewer，httr
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，MotifDb，seqLogo
SystemRequirements
增强了
URL	https://paul-shannon.github.io/igvR/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	igvR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	igvR_1.18.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	igvR_1.18.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	igvR_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/igvR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/igvR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/igvR/
软件包下载报告	下载数据