hipathia

DOI:10.18129 / B9.bioc.hipathia

HiPathia:高通量通路分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Hipathia是一种从转录组数据计算沿信号通路的信号转导的方法。该方法基于一种迭代算法，该算法能够通过考虑每个基因的表达水平和到达网络的信号强度来计算通过网络节点的信号强度。它还提供了一种新的函数分析方法，允许计算到达每个路径注释的函数的信号。

作者:Marta R. Hidalgo [aut, cre]， José Carbonell-Caballero [ctb]， Francisco Salavert [ctb]， Alicia Amadoz [ctb]， Çankut Cubuk [ctb]， Joaquin Dopazo [ctb]

维护者:Marta R. Hidalgo < Marta。伊达尔戈在展望>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“hipathia”)

PDF	R脚本	Hipathia包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneExpression，GeneSignaling，GraphAndNetwork，通路，软件
版本	2.14.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6)，igraph(> = 1.0.1),AnnotationHub(> = 2.6.5),MultiAssayExperiment(> = 1.4.9),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口	硬币统计数据,limma， grDevices, utils，图形，preprocessCore，servr，DelayedArray，matrixStats、方法、S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	hipathia_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	hipathia_2.13.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	hipathia_2.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	hipathia_2.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hipathia
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hipathia
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hipathia/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hipathia/
软件包下载报告	下载数据