制粒机

DOI:10.18129 / B9.bioc.granulator

快速基准测试的方法在网上* *反褶积的散装RNA-seq数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

制粒机是一种细胞类型反褶积的R包异构组织基于批量RNA-seq数据或单细胞RNA-seq表达谱。包提供了一个统一的基准测试界面快速运行和多个先进的反褶积方法。数据反褶积的外周血单核细胞(PBMCs)为个人提供免疫细胞类型。

作者:萨拜娜斯(aut (cre),文森特Kuettel (aut),恩里科•费列罗(aut)

维修工:萨拜娜斯<萨比娜。费在novartis.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“制粒机”)

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文档

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HTML	R脚本	与制粒机Deconvoluting散装RNA-seq数据
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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,回归,SingleCell,软件,StatisticalMethod,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	cowplot,e1071,epiR,dplyr,dtangle,ggplot2,ggplotifygrDevices,limSolve,magrittr,质量,nnls平行,pheatmap,purrr,rlang统计数据,宠物猫,tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/xanibas/granulator
BugReports	https://github.com/xanibas/granulator/issues
取决于我
进口我
建议我	deconvR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	granulator_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	granulator_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	granulator_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	granulator_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/granulator
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/制粒机
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/granulator/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/granulator/
包下载报告	下载数据