ggbio

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggbio

基因组数据的可视化工具

Bioconductor版本:版本(3.16)

ggbio包扩展和专门的图形语法生物数据。图形是为了回答常见的科学问题,特别是那些经常问的高通量基因组学数据。支持所有核心Bioconductor数据结构,在适当的地方。包支持详细视图的特定基因组区域,以及全基因组概述。支持概述包括表意文字和大线性观点。高级阴谋包括序列片段长度,edge-linked间隔数据视图,不匹配的连环相撞,和几个拼接总结。

作者:腾飞阴(aut),迈克尔·劳伦斯(aut解说,cre) Dianne库克(aut,黑色),约翰Rainer(施)

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggbio”)

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文档

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browseVignettes (“ggbio”)

PDF		0部分:介绍和快速启动
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件,可视化
版本	1.46.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(11.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics,ggplot2(> = 1.0.0)
进口	网格,grDevices、图形数据,跑龙套,gridExtra,尺度,reshape2,gtable,Hmisc,biovizBase(> = 1.29.2),Biobase,S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment,Biostrings,Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),BSgenome,VariantAnnotation(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),OrganismDbi,GGally,ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbi,AnnotationFilter,rlang
链接
建议	vsn,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,Homo.sapiens,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,knitr,BiocStyle,testthat,EnsDb.Hsapiens.v75,tinytex
SystemRequirements
增强了
URL	https://lawremi.github.io/ggbio/
BugReports	https://github.com/lawremi/ggbio/issues
取决于我	咖啡馆,intansv
进口我	BOBaFIT,cageminer,derfinderPlot,火焰,GenomicOZone,msgbsR,R3CPET,ReportingTools,RiboProfiling,颈背,SomaticSignatures
建议我	bambu,beadarray,ensembldb,gwascat,interactiveDisplay,NanoporeRNASeq,NanoStringNCTools,π,regionReport,RnBeads,Single.mTEC.Transcriptomes,SomaticCancerAlterations,StructuralVariantAnnotation,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ggbio_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	ggbio_1.46.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ggbio_1.46.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ggbio_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggbio
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ggbio/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
包下载报告	下载数据