ggbio

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggbio

基因组数据的可视化工具

Bioconductor版本:版本(3.16)

ggbio包扩展和专门的图形语法生物数据。图形是为了回答常见的科学问题,特别是那些经常问的高通量基因组学数据。支持所有核心Bioconductor数据结构,在适当的地方。包支持详细视图的特定基因组区域,以及全基因组概述。支持概述包括表意文字和大线性观点。高级阴谋包括序列片段长度,edge-linked间隔数据视图,不匹配的连环相撞,和几个拼接总结。

作者:腾飞阴(aut),迈克尔·劳伦斯(aut解说,cre) Dianne库克(aut,黑色),约翰Rainer(施)

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

从内部引用(R,回车引用(“ggbio”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ggbio”)

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文档

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browseVignettes (“ggbio”)

PDF 0部分:介绍和快速启动
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 基础设施,软件,可视化
版本 1.46.0
Bioconductor自 BioC 2.9 (r - 2.14)(11.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法,BiocGenerics,ggplot2(> = 1.0.0)
进口 网格,grDevices、图形数据,跑龙套,gridExtra,尺度,reshape2,gtable,Hmisc,biovizBase(> = 1.29.2),Biobase,S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment,Biostrings,Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),BSgenome,VariantAnnotation(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),OrganismDbi,GGally,ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbi,AnnotationFilter,rlang
链接
建议 vsn,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,Homo.sapiens,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,knitr,BiocStyle,testthat,EnsDb.Hsapiens.v75,tinytex
SystemRequirements
增强了
URL https://lawremi.github.io/ggbio/
BugReports https://github.com/lawremi/ggbio/issues
取决于我 咖啡馆,intansv
进口我 BOBaFIT,cageminer,derfinderPlot,火焰,GenomicOZone,msgbsR,R3CPET,ReportingTools,RiboProfiling,颈背,SomaticSignatures
建议我 bambu,beadarray,ensembldb,gwascat,interactiveDisplay,NanoporeRNASeq,NanoStringNCTools,π,regionReport,RnBeads,Single.mTEC.Transcriptomes,SomaticCancerAlterations,StructuralVariantAnnotation,universalmotif
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ggbio_1.46.0.tar.gz
Windows二进制 ggbio_1.46.0.zip
macOS二进制(x86_64) ggbio_1.46.0.tgz
macOS二进制(arm64) ggbio_1.46.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggbio
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ggbio/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
包下载报告 下载数据

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