geva

DOI:10.18129 / B9.bioc.geva

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅geva。

基因表达差异分析(GEVA)

Bioconductor版本:3.16

统计方法评估变化的微分表达式(DE)多个生物之间的条件。它考虑fold-changes和假定值从先前的微分表达式(DE)的结果,使用大规模数据(*。*,微阵列和RNA-seq)和评估哪些基因在应对不同的反应实验。这个评估包括统计方法的一个独特的管道,包括加权汇总,分位数检测、聚类分析、方差分析测试,以分类的一个子集相关基因的德是相似或相关的某些生物因素。

作者:伊塔玛穆吉马良斯Nunes (aut (cre)的职位,Zanini大卫[所有],布鲁诺塞萨尔薄饼(施),Marcio多恩(施)

维护人员:伊塔玛穆吉马良斯Nunes < nunesijg gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“geva”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“geva”)

PDF	R脚本	GEVA
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,MultipleComparison,RNASeq,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	grDevices、图形的方法,统计,跑龙套,dbscan, fastcluster matrixStats
链接
建议	devtools、knitr rmarkdown roxygen2,limma,topGOtestthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sbcblab/geva
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	geva_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	geva_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	geva_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	geva_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geva
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ geva
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/geva/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geva/
包下载报告	下载数据