genotypeeval

DOI:10.18129 / B9.bioc.genotypeeval

gVCF或VCF文件的QA/QC

Bioconductor版本:发行版(3.16)

采用gVCF或VCF并报告度量标准以评估呼叫质量。

作者:Jennifer Tom [aut, cre]

维护者:Jennifer Tom < Tom。Jennifer在gene.com>上报道

引文(从R内,输入引用(“genotypeeval”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("genotypeeval")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“genotypeeval”)

超文本标记语言 genotypeeval_vignette.html
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews BatchEffectDataImport遗传学单核苷酸多态性测序软件VariantAnnotation
版本 1.30.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 3.4.0),VariantAnnotation
进口 ggplot2rtracklayerBiocGenericsGenomicRangesGenomeInfoDbIRanges、方法、BiocParallel、图形、统计
链接
建议 rmarkdowntestthatSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 genotypeeval_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 genotypeeval_1.30.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) genotypeeval_1.29.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) genotypeeval_1.30.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genotypeeval
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/genotypeeval
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/genotypeeval/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/genotypeeval/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网