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genotypeeval
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DOI:10.18129 / B9.bioc.genotypeeval
gVCF或VCF文件的QA/QC
Bioconductor版本:发行版(3.16)
采用gVCF或VCF并报告度量标准以评估呼叫质量。
作者:Jennifer Tom [aut, cre]
维护者:Jennifer Tom < Tom。Jennifer在gene.com>上报道
引文(从R内，输入引用(“genotypeeval”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("genotypeeval")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“genotypeeval”)
| 超文本标记语言 | genotypeeval_vignette.html | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | BatchEffect，DataImport，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件，VariantAnnotation |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(7.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.4.0)，VariantAnnotation |
| 进口 | ggplot2，rtracklayer，BiocGenerics，GenomicRanges，GenomeInfoDb，IRanges、方法、BiocParallel、图形、统计 |
| 链接 | |
| 建议 | rmarkdown，testthatSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | genotypeeval_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | genotypeeval_1.30.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | genotypeeval_1.29.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | genotypeeval_1.30.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genotypeeval |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/genotypeeval |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/genotypeeval/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/genotypeeval/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
