flowcatchR

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowcatchR

分析体内显微镜成像数据的工具集中在跟踪流动的血细胞

Bioconductor版本:发行版(3.16)

flowcatchR是一套分析体内显微镜成像数据的工具，专注于跟踪流动的血细胞。它指导了从分割到特征计算的步骤，过滤掉不感兴趣的粒子，还提供了一组实用程序来帮助检查所执行操作的质量(例如分割有多好)。它允许研究跟踪血管中流动细胞的问题，以对流动、滚动和粘附的颗粒进行分类。这种分类应用于止血等现象的研究和血栓形成的研究。此外，flowcatchR提供了一个集成的工作流解决方案，基于与Shiny App和Jupyter笔记本电脑的集成，随包一起交付，可以在R环境中实现完全可重复的生物图像分析。

作者:Federico Marini [aut, cre]

维护者:Federico Marini

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“flowcatchR”)

超文本标记语言	R脚本	flowcatchR:在时间延迟显微镜图像中跟踪和分析细胞
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBiology,分类,GUI,基础设施,软件,可视化
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(八年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R(>= 2.10)，方法，EBImage
进口	colorRamps,abind,BiocParallel，图形，统计，utils，情节,闪亮的
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	ImageMagick
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/flowcatchRhttps://federicomarini.github.io/flowcatchR/
BugReports	https://github.com/federicomarini/flowcatchR/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	flowcatchR_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	flowcatchR_1.32.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	flowcatchR_1.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	flowcatchR_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowcatchR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/flowcatchR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/flowcatchR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/flowcatchR/
软件包下载报告	下载数据