famat

DOI:10.18129 / B9.bioc.famat

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅famat。

功能分析的代谢和转录组数据

Bioconductor版本:3.16

Famat是收集数据列表用户提供的基因和代谢产物,并通过可视化的应用。收集的信息是:——路径包含用户的一些基因和代谢产物(获得使用通路富集分析)。——用户之间的直接交互的元素内部通路。——信息元素(它们的标识符和描述)。——去执行条款浓缩分析用户的基因。闪亮的应用程序组成:基因信息,代谢物,在通路之间的直接交互。从列表中——一个热图显示哪些元素在通路(通路被结构化的层次结构)。——丰富的层次结构方面使用分子功能和生物过程。

作者:马修查尔斯(aut (cre)

维修工:马修查尔斯<马修。查尔斯在inrae.fr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“famat”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“famat”)

HTML	R脚本	famat
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalPrediction,去,GeneSetEnrichment,KEGG,通路,Reactome,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	KEGGREST,统计mgcv BiasedUrn、dplyr gprofiler2,rWikiPathways,reactome.dbstringr,GO.dbontologyIndex tidyr,闪亮,shinydashboard shinyBS,阴谋,magrittr, DT,clusterProfiler,org.Hs.eg.db
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/emiliesecherre/famat
BugReports	https://github.com/emiliesecherre/famat/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	famat_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	famat_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	famat_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	famat_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/famat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ famat
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/famat/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/famat/
包下载报告	下载数据