extraChIPs

DOI:10.18129 / B9.bioc.extraChIPs

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅extraChIPs。

额外的功能来处理ChIP-Seq数据

Bioconductor版本:3.16

这个包是建立在现有工具和增加了一些简单但非常有用的用于处理ChIP-Seq数据的功能。重点是检测微分绑定windows /地区。一组函数小说集合操作保留mcols农庄组织对象,而另一组功能帮助可视化的结果。强迫宠物猫对象也包括在内。

作者:斯蒂芬Pederson (aut (cre)

维修工:斯蒂芬Pederson < stephen.pederson。非盟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“extraChIPs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“extraChIPs”)

HTML	R脚本	微分约束分析
HTML	R脚本	基于范围的操作
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,嗝,测序,软件
版本	1.2.4
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	BiocParallelR (> = 4.2.0),GenomicRangesggplot2 (> = 3.4.0),SummarizedExperiment,宠物猫
进口	BiocIO、扫帚、ComplexUpsetcsawdplyr,刨边机,EnrichedHeatmapforcats,GenomeInfoDb,GenomicInteractions,ggrepel ggforce ggside、胶水、grDevices,网格,Gviz,InteractionSet,IRanges,limma、方法、拼凑RColorBrewer rlang,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors尺度数据,stringr、tidyr tidyselect,跑龙套,vctrs,文氏图
链接
建议	BiocStylecovr knitr,plyranges、rmarkdown testthat (> = 3.0.0), tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/steveped/extraChIPs
BugReports	https://github.com/steveped/extraChIPs/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	extraChIPs_1.2.4.tar.gz
Windows二进制	extraChIPs_1.2.4.zip
macOS二进制(x86_64)	extraChIPs_1.2.4.tgz
macOS二进制(arm64)	extraChIPs_1.2.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/extraChIPs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ extraChIPs
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/extraChIPs/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/extraChIPs/
包下载报告	下载数据