epimutacions

DOI:10.18129 / B9.bioc.epimutacions

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅epimutacions。

健壮的异常DNA甲基化数据的识别

Bioconductor版本:3.16

军售计划包括一些统计离群值检测方法表突变检测DNA甲基化数据。方法包含在包MANOVA,多元线性模型,隔离森林,健壮的mahalanobis距离,分位数和β。方法比较与疑似疾病案例样本和参考面板(健康个体组成的)来识别表突变样品在给定的情况下。它还包含功能注释和可视化识别表突变。

作者:悲哀Pelegri-Siso (aut (cre),胡安·r·冈萨雷斯(aut),卡洛斯Ruiz-Arenas (aut)卡莱斯Hernandez-Ferrer (aut),Leire Abarrategui (aut)

维护人员:悲哀Pelegri-Siso <悲哀。在isglobal.org pelegri >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“epimutacions”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“epimutacions”)

HTML	R脚本	表突变的检测甲基化数据的方法
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion,DNAMethylation,归一化,预处理,软件,StatisticalMethod
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),epimutacionsData
进口	minfi,bumphunter,robustbase isotree ggplot2,GenomicRanges,GenomicFeatures,IRanges,SummarizedExperiment、统计、matrixStatsBiocGenerics,S4Vectors跑龙套,biomaRt,BiocParallel,GenomeInfoDb,Homo.sapienspurrr宠物猫,Gviz,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,rtracklayer,AnnotationDbi,AnnotationHub,ExperimentHub、reshape2、网格ensembldbgridExtra,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,ggrepel
链接
建议	testthat、knitr rmarkdown,BiocStyle,a4BasekableExtra,方法,grDevices
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/isglobal-brge/epimutacions
BugReports	https://github.com/isglobal-brge/epimutacions/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	epimutacions_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	epimutacions_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	epimutacions_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epimutacions_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epimutacions
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ epimutacions
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epimutacions/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/epimutacions/
包下载报告	下载数据