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- Bioconductor 3.16
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- ensemblVEP
ensemblVEP
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP
R接口运用变异效果预测
Bioconductor版本:版本(3.16)
通过perl API查询运用变异效果预测。
作者:瓦莱丽Obenchain和Lori牧羊人
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“ensemblVEP”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ensemblVEP”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ensemblVEP”)
| R脚本 | ensemblVEP | |
| R脚本 | PreV90EnsemblVEP | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 自述 | |
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,单核苷酸多态性,软件,VariantAnnotation |
| 版本 | 1.40.0 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(10年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | 方法,BiocGenerics,GenomicRanges,VariantAnnotation |
| 进口 | S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit |
| SystemRequirements | 运用(API版本105)和Perl DBI模块和DBD:: mysql必须安装。看到包的README和运用安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html安装程序 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | MMAPPR2,TVTB |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ensemblVEP_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS二进制(x86_64) | ensemblVEP_1.40.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | ensemblVEP_1.40.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ensemblVEP |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ensemblVEP/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ensemblVEP/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
