doppelgangR

DOI:10.18129 / B9.bioc.doppelgangR

从基因组或元数据中识别可能的重复样本

Bioconductor版本:发行版(3.16)

主要函数是doppelgangR(),它将ExpressionSet对象的列表作为最小输入,并搜索所有列表对以寻找重复的样本。搜索基于基因组数据(exprs(eset))、表型/临床数据(pData(eset))和“确凿的证据”——在pData(eset)中发现的唯一标识符。

作者:Levi Waldron [aut, cre], Markus Reister [aut, ctb], Marcel Ramos [ctb]

维护者:Levi Waldron 上搜索

引文(从R内,输入引用(“doppelgangR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“doppelgangR”)

超文本标记语言 R脚本 doppelgangR装饰图案
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文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionImmunoOncology微阵列质量控制RNASeq软件
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(7年)
许可证 GPL (> = 2.0)
取决于 R (>= 3.5.0),BiobaseBiocParallel
进口 股东价值分析嫁祸于消化mnormt,方法,grDevices,图形,统计,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowncuratedOvarianDatatestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lwaldron/doppelgangR
BugReports https://github.com/lwaldron/doppelgangR/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 doppelgangR_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 doppelgangR_1.26.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) doppelgangR_1.26.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) doppelgangR_1.26.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/doppelgangR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/doppelgangR
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/doppelgangR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/doppelgangR/
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