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diffcyt
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DOI:10.18129 / B9.bioc.diffcyt
通过高分辨率聚类的高维细胞仪鉴别发现
Bioconductor版本:发行版(3.16)
高维细胞术数据(包括流式细胞术、大规模细胞术或CyTOF和寡核苷酸标记细胞术)中差异发现分析的统计方法，基于高分辨率聚类和改编自转录组学的经验贝叶斯调节试验的组合。
作者:卢卡斯·m·韦伯[aut, cre]
维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“diffcyt”)):
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“diffcyt”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | diffcyt工作流 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | CellBasedAssays，CellBiology，聚类，FeatureExtraction，FlowCytometry，ImmunoOncology，蛋白质组学，SingleCell，软件 |
| 版本 | 1.18.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.4.0) |
| 进口 | flowCore，FlowSOM，SummarizedExperiment，S4Vectors，limma，刨边机，lme4，multcomp，dplyr，tidyr，reshape2，magrittr，统计，方法，utils, grDevices，图形，ComplexHeatmap，circlize、网格 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，HDCytoData，催化剂 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/lmweber/diffcyt |
| BugReports | https://github.com/lmweber/diffcyt/issues |
| 全靠我 | censcyt，cytofWorkflow |
| 进口我 | CyTOFpower，treekoR |
| 建议我 | 催化剂 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | diffcyt_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | diffcyt_1.18.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | diffcyt_1.18.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | diffcyt_1.18.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffcyt |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/diffcyt |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/diffcyt/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/diffcyt/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
