deconvR

DOI:10.18129 / B9.bioc.deconvR

Omic剖面的模拟与反褶积

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了一组函数，用于使用参考组学特征图谱和用户选择的模型分析大量样品的反褶积。用户可以选择创建或扩展参考图谱，还可以模拟参考单元类型的批量签名配置文件的所需大小。该软件包包括细胞类型特定的甲基化图谱和Illumina Epic B5探针id，可用于反卷积。此外，我们还包括了BSmeth2Probe，以便更容易地将WGBS数据映射到它们的探针id。

作者:Irem B. Gündüz [aut, cre]， Veronika Ebenal [au]，阿尔图纳·阿卡林[au]

维护者:Irem B. Gündüz

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“deconvR”)

超文本标记语言	R脚本	deconvRVignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，GeneExpression，RNASeq，回归，SingleCell，软件，StatisticalMethod，转录组
版本	3
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)，data.table(> = 1.14.0)
进口	S4Vectors(> = 0.30.0),methylKit(> = 1.18.0),IRanges(> = 2.26.0),GenomicRanges(> = 1.44.0),BiocGenerics(>= 0.38.0)，统计，方法，foreach(> = 1.5.1),magrittr(> = 2.0.1),matrixStats(> = 0.61.0),e1071(> = 1.7.9),quadprog(> = 1.5.8),nnls(> = 1.4),rsq(> = 2.2),质量跑龙套,dplyr(> = 1.0.7),tidyr(> = 1.1.3),为了，minfi
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),roxygen2(> = 7.1.2),doParallel(>= 1.0.16)，平行，knitr(> = 1.34),BiocStyle(> = 2.20.2),reshape2(> = 1.4.4),ggplot2(> = 3.3.5),rmarkdown，devtools(> = 2.4.2),sessioninfo(> = 1.1.1),covr，制粒机，RefManageR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMSBbioinfo/deconvR
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/deconvR
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	deconvR_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	deconvR_1.4.3.zip
macOS二进制文件(x86_64)	deconvR_1.4.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)	deconvR_1.4.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deconvR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/deconvR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/deconvR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deconvR/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档