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- 3.16 ExperimentData包
Bioconductor ExperimentData包
Bioconductor版本:版本(3.16)
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| adductData | 乔西海耶斯 | 数据修改Cys34血清白蛋白的女士没有针对性 |
| affycompData | 哈里斯贾菲 | affycomp数据 |
| affydata | 哈里斯贾菲 | Affymetrix数据出于演示目的 |
| Affyhgu133A2Expr | 志诚记 | Affymetrix人类基因组U133A 2.0阵列(GPL571)表达数据方案 |
| Affyhgu133aExpr | 志诚记 | Affymetrix人类hgu133a阵列(GPL96)表达数据方案 |
| Affyhgu133Plus2Expr | 志诚记 | Affyhgu133Plus2Expr数据包(GPL570)表达式 |
| AffymetrixDataTestFiles | 亨利克·本特松 | Affymetrix数据文件(CHP玻璃纸,CDF实验组,EXP、PGF PSI)进行测试 |
| Affymoe4302Expr | 志诚记 | Affymetrix老鼠基因组430 2.0阵列(GPL1261)表达数据方案 |
| 气道 | 迈克尔的爱 | RangedSummarizedExperiment RNA-Seq在气道平滑肌细胞,2014年为了et al PLoS One |
| 所有 | 罗伯特先生 | 一个数据包 |
| ALLMLL | b . m . Bolstad | 数组的子集从大的急性淋巴细胞白血病(ALL)的研究 |
| alpineData | 迈克尔的爱 | 数据高山包装饰图案 |
| AmpAffyExample | 拉斐尔·a·伊 | 放大数据的例子 |
| AneuFinderData | 亚伦Taudt | WGSCS数据出于演示目的 |
| antiProfilesData | 赫克托耳Corrada布拉沃 | 正常结肠和癌症预处理affy antiProfile构建的数据。 |
| aracne.networks | 费德里科•m . Giorgi马里亚诺·阿尔瓦雷斯 | ARACNe-inferred从TCGA肿瘤基因网络数据集 |
| ARRmData | 让-菲利普•福丁 | 示例数据集的标准化Illumina公司450 k甲基化数据 |
| AshkenazimSonChr21 | 他抱怨 | 人类基因组注释在21号染色体变异,19日,德系犹太人三儿子样本 |
| ASICSdata | 流行Lefort | 例子1 d NMR光谱数据予以最佳方案 |
| AssessORFData | Deepank Korandla | 数据和文件AssessORF包 |
| bcellViper | 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 | 人类b细胞转录interactome和正常的人类b细胞表达数据 |
| beadarrayExampleData | 马克·邓宁 | beadarray包示例数据 |
| BeadArrayUseCases | 迈克•史密斯 | 分析Illumina公司使用Bioconductor BeadArray表达数据 |
| BeadSorted.Saliva.EPIC | Jonah Fisher | Illumina公司史诗数据BeadSorted儿童唾液细胞 |
| benchmarkfdrData2019 | 斯蒂芬妮·希克斯 | 数据和基准测试结果从Korthauer和金正日et al . (2019) |
| beta7 | 让杨 | 罗德里格斯et al。(2004)通过内存/效应辅助T细胞基因差异表达轴承Gut-Homing受体整合素alpha4 beta7。 |
| BioImageDbs | Satoshi Kume | 生物和生物医学成像数据集对机器学习和深度学习(ExperimentHub) |
| BioPlex | 路德维希Geistlinger | R-side访问BioPlex蛋白质相互作用数据 |
| biotmleData | 尼玛赫亚兹 | 实验的微阵列数据集“biotmle”R包 |
| biscuiteerData | “雅各莫里森” | 数据包Biscuiteer |
| bladderbatch | 杰弗里·t .韭菜 | 膀胱基因表达数据为批处理效果 |
| blimaTestingData | Vojtech Kulvait | 数据的测试包blima。 |
| BloodCancerMultiOmics2017 | 马格达雷娜ole | “血癌Drug-perturbation-based分层”到迪特里希年代,ole M,陆J et al。实验数据和完整的分析 |
| bodymapRat | 斯蒂芬妮·希克斯 | 实验数据集从老鼠BodyMap项目 |
| breakpointRdata | 大卫Porubsky | Strand-seq数据出于演示目的 |
| breastCancerMAINZ | 马库斯·施罗德,本杰明Haibe-Kains | 基因表达数据集出版的施密特et al。[2008](美因茨)。 |
| breastCancerNKI | 马库斯·施罗德,本杰明Haibe-Kains | Genexpression数据集出版的货车转向et al。[2002]和van de Vijver et al。[2002] (NKI)。 |
| breastCancerTRANSBIG | 马库斯·施罗德,本杰明Haibe-Kains | 基因表达数据集出版Desmedt等。[2007](TRANSBIG)。 |
| breastCancerUNT | 马库斯·施罗德,本杰明Haibe-Kains | 基因表达数据集出版Sotiriou等。[2007](单元)。 |
| breastCancerUPP | 马库斯·施罗德,本杰明Haibe-Kains | 基因表达数据集出版的米勒et al。[2005] (UPP)。 |
| breastCancerVDX | 马库斯·施罗德,本杰明Haibe-Kains | 基因表达数据集出版的王et al。[2005]和明尼苏达州et al。[2007] (VDX)。 |
| brgedata | 悲哀Pelegri-Siso | 曝光、基因表达和甲基化数据预展purpouses |
| bronchialIL13 | 文斯凯里 | 涉及使用il13时间课程实验 |
| bsseqData | Kasper丹尼尔·汉森 | bsseq包示例亚硫酸氢全基因组数据 |
| cancerdata | 丹尼尔Kosztyla | 从高维分子诊断测试的开发和验证数据:数据集 |
| CardinalWorkflows | 凯莉Bemis a . | 数据集和工作流的基本质谱成像方案 |
| ccdata | 亚历克斯·皮克林 | 数据连接组合映射(ccmap)包 |
| 亚兰 | 奥黛丽考夫曼 | 四氯化碳(亚兰)治疗肝细胞 |
| ccTutorial | Joern Toedling | 数据包ChIP-chip教程 |
| celarefData | 莎拉·威廉姆斯 | 处理scRNA celaref插曲——电池标签数据参考 |
| celldex | 亚伦Lun | 细胞类型的参考指数 |
| CellMapperData | 布拉德那里提取 | 预处理数据使用CellMapper包 |
| ChAMPdata | 元田 | 数据包冠军包 |
| ChIC.data | 卡门·玛丽亚Livi | 别致的包数据 |
| ChimpHumanBrainData | 肖恩·戴维斯 | 黑猩猩和人类大脑计划数据 |
| chipenrich.data | 雷蒙德·g·Cavalcante | 同伴包chipenrich |
| ChIPexoQualExample | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual包示例数据,实现了一个质量控制管道ChIP-exo数据 |
| chipseqDBData | 亚伦Lun | 数据chipseqDB工作流 |
| ChIPXpressData | 乔治·吴 | ChIPXpress预构建数据库 |
| chromstaRData | 亚伦Taudt | ChIP-seq数据出于演示目的 |
| 慢性淋巴细胞白血病 | 罗伯特先生 | 慢性淋巴细胞白血病基因表达数据的一个包 |
| CLLmethylation | 马格达雷娜ole,安德烈亚斯模拟 | 甲基化主要慢性淋巴细胞白血病样本的数据项目 |
| CluMSIDdata | 托拜厄斯Depke | CluMSID包的数据 |
| clustifyrdatahub | 瑞福 | 外部数据集在ExperimentHub clustifyr |
| cMap2data | j . Saez-Rodriguez | 连接地图(版本2)数据 |
| cnvGSAdata | 约瑟夫·卢戈 | 数据用于cnvGSA包的装饰图案 |
| COHCAPanno | 查尔斯·沃登 | 注释的城市希望CpG岛分析管道 |
| colonCA | W西尔维娅默克 | exprSet阿龙et al。(1999)结肠癌数据 |
| CONFESSdata | 戴安娜低 | 承认包的示例数据集 |
| ConnectivityMap | 保罗·香农 | 功能之间的连接药物、基因和疾病所揭示的常见基因表达的变化 |
| COPDSexualDimorphism.data | J c大调Sathirapongsasuti | 数据支持性别差异和慢性阻塞性肺病微分分析基因表达和甲基化。 |
| CopyhelpeR | 奥斯卡Krijgsman | Helper文件文案 |
| CopyNeutralIMA | 泽维尔牧师Hostench | 复制中性Illumina公司甲基化数组 |
| COSMIC.67 | 朱利安格林 | COSMIC.67 |
| CRCL18 | 克劳迪奥·Isella | CRC细胞系数据集 |
| crisprScoreData | 让-菲利普•福丁 | Pre-trained模型crisprScore包 |
| curatedAdipoArray | 马哈茂德•艾哈迈德 | 策划微阵列数据集MDI-induced有区别的脂肪细胞(3 t3-l1)在遗传和药理扰动 |
| curatedAdipoChIP | 马哈茂德•艾哈迈德 | 一个策划ChIP-Seq MDI-induced分化脂肪细胞(3 t3-l1)的数据集 |
| curatedAdipoRNA | 马哈茂德•艾哈迈德 | 一个策划RNA-Seq MDI-induced分化脂肪细胞(3 t3-l1)的数据集 |
| curatedBladderData | 马库斯·里斯特 | 膀胱癌的基因表达分析 |
| curatedBreastData | 凯蒂Planey | 策划与生存和治疗乳腺癌基因表达数据信息 |
| curatedCRCData | Princy Parsana | 结肠癌基因表达分析 |
| curatedMetagenomicData | 卢卡斯希弗 | 人类微生物组的策划宏基因组数据 |
| curatedOvarianData | 李维沃尔德伦 | 卵巢癌临床注释数据转录组 |
| curatedTBData | Xutao王 | 管理现有49个肺结核的转录组研究 |
| curatedTCGAData | 马塞尔·拉莫斯 | 策划癌症基因组图谱的数据(TCGA) MultiAssayExperiment对象 |
| DAPARdata | 撒母耳Wieczorek | 伴随DAPAR和Prostar包的数据 |
| davidTiling | 沃尔夫冈•休伯 | 数据和分析脚本大卫休伯等人酵母花砖数组 |
| depmap | 劳伦特与 | 癌症地图数据的依赖包 |
| derfinderData | 莱昂纳多Collado-Torres | 处理从BrainSpan要人的例子 |
| DeSousa2013 | 新王 | 结肠癌预后不良由分子定义不同的亚型和前体病变 |
| DExMAdata | 胡安·安东尼奥·Villatoro-Garcia | 数据包DExMA包 |
| diffloopdata | 迦勒Lareau | 例子ChIA-PET diffloop包的数据集 |
| diggitdata | 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 | diggit包示例数据 |
| DLBCL | 马库斯> | 弥漫型大b细胞淋巴瘤表达数据 |
| DmelSGI | 迈克•史密斯 | 实验数据和记录纸的源代码”的地图定向遗传相互作用后生动物细胞” |
| DMRcatedata | Tim Peters | 数据包DMRcate |
| DonaPLLP2013 | 约瑟夫·d·巴里 | 补充数据包小姐et al .(2013)包含示例图片和表 |
| 多萝西娅 | 季米特洛夫丹尼尔 | 人类和小鼠TF调节子的集合 |
| dressCheck | 文森特·凯里 | 数据和软件检查Dressman JCO 25 (5) 2007 |
| DropletTestFiles | 亚伦Lun | 测试文件为单细胞滴实用工具 |
| DrugVsDiseasedata | j . Saez-Rodriguez | 药物和疾病数据 |
| DuoClustering2018 | 安吉洛二人组 | 数据,聚类结果和可视化功能从二人组et al (2018) |
| DvDdata | j . Saez-Rodriguez | 药物和疾病数据 |
| dyebiasexamples | 菲利普Lijnzaad | dyebias包示例数据,实现了GASSCO方法。 |
| easierData | 奥斯卡Lapuente-Santana | 内部数据和典型数据集从IMvigor210CoreBiologies包更容易 |
| EatonEtAlChIPseq | 帕特里克Aboyoun | ChIP-seq ORC-binding网站酵母数据摘自伊顿et al . 2010 |
| ecoliLeucine | Laurent Gautier | 实验数据与Affymetrix大肠杆菌芯片 |
| EGSEAdata | 妈Alhamdoosh | 基因为EGSEA包设置集合 |
| ELMER.data | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | 埃尔默包的数据 |
| emtdata | Malvika d Kharbanda | ExperimentHub包的数据集和一个上皮间充质转变(EMT) |
| EpiMix.data | 郑元 | EpiMix包的数据 |
| epimutacionsData | Leire Abarrategui | 数据epimutacions包 |
| 雌激素 | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据集,可以用作2 x2的阶乘设计例子 |
| etec16s | 约瑟夫·n·保尔森 | 细化后人类肠道微生物群的变化挑战产肠毒素的大肠杆菌和随后的环丙沙星治疗 |
| ewceData | 艾伦•墨菲 | ewce所需ewceData包提供了参考数据 |
| faahKO | 史蒂芬诺依曼 | Saghatelian et al。(2004) FAAH淘汰赛LC / MS数据 |
| fabiaData | 然而Hochreiter | 数据集的FABIA。(Bicluster收购的因素分析) |
| FANTOM3and4CAGE | Vanja Haberle | 笼子里的数据FANTOM3和FANTOM4项目 |
| ffpeExampleData | 李维沃尔德伦 | Illumina公司DASL微阵列数据的例子 |
| fibroEset | 西尔维娅默克 | exprSet Karaman et al。(2003)成纤维细胞数据 |
| FieldEffectCrc | 克里斯托弗·丹皮尔 | 肿瘤,tumor-adjacent正常和健康的结直肠转录组SummarizedExperiment对象 |
| 金融中间人 | 赫伯特Braselmann,马丁Selmansberger | 人类功能交互(FIs) splineTimeR包 |
| 裂变 | 迈克尔的爱 | RangedSummarizedExperiment时间课程RNA-Seq裂殖酵母,以应对压力,由梁et al ., Nat Commun 2014。 |
| Fletcher2013a | 毛罗·卡斯特罗 | 从乳腺癌细胞基因表达数据在FGFR2信号扰动 |
| Fletcher2013b | 毛罗·卡斯特罗 | 主监管机构FGFR2信号和乳腺癌的风险 |
| flowPloidyData | 泰勒史密斯 | 流式细胞仪数据例子 |
| FlowSorted.Blood.450k | 安德鲁·E Jaffe | Illumina公司HumanMethylation分类血细胞数量的数据 |
| FlowSorted.Blood.EPIC | 卢卡斯·a·萨拉斯 | Illumina公司史诗immunomagnetic数据排序外围成人血细胞 |
| FlowSorted.CordBlood.450k | 山诉安德鲁斯 | Illumina公司450 k数据排序脐带血细胞 |
| FlowSorted.CordBloodCombined.450k | 卢卡斯·a·萨拉斯 | Illumina公司450 k /史诗数据流式细胞仪和mac脐血细胞 |
| FlowSorted.CordBloodNorway.450k | 克里斯蒂娜gervin | Illumina公司HumanMethylation数据排序脐带血细胞群 |
| FlowSorted.DLPFC.450k | 安德鲁·E Jaffe | Illumina公司HumanMethylation数据排序的额叶皮层细胞群 |
| flowWorkspaceData | 迈克江 | 数据包含两个flowJo包,一个天后xml工作区和fcs相关文件以及三个GatingSets测试flowWorkspace openCyto和CytoML包。 |
| frmaExampleData | 马修·n·考尔 | Frma示例数据 |
| furrowSeg | 约瑟夫·巴里 | 沟分割 |
| gageData | Weijun罗 | 辅机的数据计方案 |
| gaschYHS | 文斯凯里 | ExpressionSet为酵母响应热休克和其他环境压力 |
| gatingMLData | j . Spidlen | 数据和XML文件Gating-ML测试套件中 |
| gcspikelite | 马克。罗宾逊 | 激增的数据在flagme GC / MS数据和方法 |
| geneLenDataBase | 马修年轻,Nadia戴维森 | 长度的mRNA转录基因的数量 |
| genomationData | Vedran因特网 | 实验数据显示genomation包的功能 |
| GenomicDistributionsData | Kristyna Kupkova | 参考数据GenomicDistributions包 |
| GeuvadisTranscriptExpr | 马格达雷娜Nowicka | 数据包的转录表达和bi-allelic基因型GEUVADIS项目 |
| GIGSEAdata | 家朱 | 基因为GIGSEA包设置集合 |
| golubEsets | 文斯凯里 | exprSets golub白血病数据 |
| gpaExample | 东峻涌 | GPA包示例数据(遗传分析结合基因多效性和注释) |
| grndata | 加索尔Bellot | 合成基因表达数据监管网络推理 |
| GSBenchMark | Bahman艾弗里 | 基因设置基准 |
| GSE103322 | 马里亚诺·阿尔瓦雷斯 | 加入地理数据GSE103322 SingleCellExperiment |
| GSE13015 | Darawan Rinchai | 加入地理数据GSE13015_GPL6106 SummarizedExperiment |
| GSE159526 | 维克多元 | 从加入地理GSE159526胎盘细胞DNA甲基化数据 |
| GSE62944 | Bioconductor包维护者 | 加入地理数据GSE62944 SummarizedExperiment |
| GSVAdata | 罗伯特Castelo | 数据使用的小插图GSVA包 |
| GWASdata | 斯蒂芬妮Gogarten,阿德里安娜Stilp | 数据使用的例子和小品文GWASTools包 |
| h5vcData | 保罗·西奥多·所有 | h5vc包示例数据 |
| hapmap100khind | Benilton卡瓦略 | ——人类基因组单体型图100 k后Affymetrix示例数据 |
| hapmap100kxba | Benilton卡瓦略 | 样本数据——人类基因组单体型图100 k XBA Affymetrix |
| hapmap500knsp | Benilton卡瓦略 | ——人类基因组单体型图500 k NSP Affymetrix示例数据 |
| hapmap500ksty | Benilton卡瓦略 | 样本数据——人类基因组单体型图500 k猪圈Affymetrix |
| hapmapsnp5 | Benilton卡瓦略 | 样本数据——人类基因组单体型图5.0 Affymetrix SNP |
| hapmapsnp6 | Benilton卡瓦略 | 样本数据——人类基因组单体型图6.0 Affymetrix SNP |
| harbChIP | VJ凯里 | 实验数据包:harbChIP |
| HarmanData | 杰森·罗斯 | 哈曼包的数据 |
| HarmonizedTCGAData | 马天乐 | 处理协调,TCGA五种选定的癌症类型的数据 |
| HCAData | 费德里科•马里尼 | 访问数据集的人类细胞在R / Bioconductor地图集 |
| HD2013SGI | 迈克•史密斯 | 映射遗传相互作用在人类癌症细胞RNAi和multiparametric表现型 |
| HDCytoData | 卢卡斯·m·韦伯 | 集合Bioconductor高维血细胞计数基准数据集的对象格式 |
| healthyControlsPresenceChecker | 大卫。Chicco | 从地理Dowloads基因表达数据集,并检查它是否包含健康对照组的数据 |
| healthyFlowData | Ariful Azad | 健康的flowMatch包所使用的数据集 |
| HEEBOdata | 艾格尼丝Paquet | HEEBO集和HEEBO控制。 |
| HelloRangesData | 迈克尔•劳伦斯 | 数据HelloRanges教程装饰图案 |
| hgu133abarcodevecs | 马修·n·考尔 | hgu133a条码数据 |
| hgu133plus2barcodevecs | 马修·n·考尔 | hgu133plus2条码数据 |
| hgu133plus2CellScore | 南希Mah | CellScore标准细胞表达数据集[hgu133plus2] |
| hgu2beta7 | Bioconductor包维护者 | 一个包含hgu2beta7注释数据的数据包 |
| HiCDataHumanIMR90 | 尼古拉斯的仆人 | 人类IMR90纤维母细胞嗝Dixon et al . 2012的数据 |
| HiCDataLymphoblast | Borbala Mifsud | 人类lymphoblastoid嗝排成et al . 2009的数据 |
| HiContactsData | 雅克Serizay | HiContacts同伴数据包 |
| HighlyReplicatedRNASeq | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 收集的大部分RNA-Seq与许多复制实验 |
| Hiiragi2013 | Andrzej ole | 细胞间的表情变化信号早期强化逐步将鼠标血统紧随其后 |
| HIVcDNAvantWout03 | 克里斯Fraley | 赖T细胞系感染hiv - 1(无条件转移) |
| HMP16SData | 卢卡斯希弗 | 从人类微生物组16 s rRNA测序数据项目 |
| HMP2Data | 约翰·斯坦斯菲尔德Ekaterina Smirnova | 16 s rRNA测序数据从人类微生物组项目2 |
| HSMMSingleCell | 科尔杰尔 | 单细胞RNA-Seq区分人类骨骼肌成肌细胞(软件) |
| HumanAffyData | 布拉德那里提取 | GEO加入GSE64985和ArrayExpress加入e - mtab - 62作为ExpressionSet对象 |
| humanStemCell | r .绅士 | 人类干细胞实验时间进程 |
| IHWpaper | Nikos Ignatiadis | 再现人物IHW纸 |
| Illumina450ProbeVariants.db | 蒂芙尼莫里斯 | 注释包从1000人基因工程结合变体数据Illumina公司HumanMethylation450珠芯片探针 |
| IlluminaDataTestFiles | Kasper丹尼尔·汉森 | Illumina公司芯片文件(IDAT)进行测试 |
| imcdatasets | 尼古拉斯Damond | 收集公开的成像质量血细胞计数(IMC)数据集 |
| ITALICSData | Guillem Rigaill | ITALICSData |
| Iyer517 | 文斯凯里 | exprSets艾耶,艾森等所有1999个科学论文 |
| JASPAR2014 | 通用电气谭 | 数据包JASPAR |
| JASPAR2016 | 通用电气谭 | 2016年JASPAR数据包 |
| KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO | Gaurav巴蒂 | 疾病从地理数据集 |
| KEGGdzPathwaysGEO | Gaurav巴蒂 | KEGG疾病从地理数据集 |
| kidpack | 沃尔夫冈•休伯 | DKFZ肾脏包 |
| KOdata | Shana白 | 距离淘汰赛数据包 |
| leeBamViews | VJ凯里 | leeBamViews——摘自李2009多个酵母RNAseq样本 |
| leukemiasEset | 莎拉Aibar | 白血病的微阵列基因表达数据(expressionSet)。 |
| LiebermanAidenHiC2009 | 菲利克斯•克莱因 | 选定的数据的大肠排成等人在《科学》杂志上的论文嗝(2009) |
| ListerEtAlBSseq | 卡马尔•基 | H1和IMR90细胞系BS-seq数据摘自李斯特et al . 2009 |
| LRcellTypeMarkers | 文晶马 | 标志基因信息LRcell R Bioconductor包 |
| lumiBarnes | 杜潘 | 巴恩斯基准Illumina公司组织滴定数据 |
| LungCancerACvsSCCGEO | Adi Laurentiu Tarca | 肺癌的数据集,可以用于maPredictDSC计划发展结果预测模型从Affymetrix玻璃纸文件。 |
| LungCancerLines | 科里巴尔 | 读取来自两个肺癌细胞系 |
| lungExpression | 罗伯特Scharpf | ExpressionSets Parmigiani et al ., 2004临床癌症研究论文 |
| lydata | 亚历克斯·皮克林 | crossmeta包的示例数据集 |
| M3DExampleData | 塔卢拉安德鲁斯 | M3Drop示例数据 |
| 巨噬细胞 | 迈克尔的爱 | 人类巨噬细胞免疫反应 |
| MACSdata | 羌胡 | 测试数据集MACSr包 |
| mammaPrintData | 路易吉马尔基奥尼 | RGLists格拉斯和Buyse乳腺癌研究 |
| mAPKLData | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据的测试包mAPKL。 |
| maqcExpression4plex | Benilton卡瓦略 | 样本表达数据- MAQC / HG18罗氏 |
| MAQCsubset | VJ凯里 | 实验数据包:MAQCsubset |
| MAQCsubsetILM | 劳伦特与 | MAQC Illumina公司平台的数据子集 |
| mCSEAdata | 乔迪Martorell马鲁根 | 数据包mCSEA包 |
| mcsurvdata | 阿德里亚Caballe城区 | 元组的生存数据 |
| MEDIPSData | 卢卡斯查韦斯 | MEDIPS和QSEA包的示例数据 |
| MEEBOdata | 艾格尼丝Paquet | MEEBO和MEEBO控制。 |
| MerfishData | 路德维希Geistlinger | 公共MERFISH数据集的集合 |
| MetaGxBreast | 本杰明Haibe-Kains | 转录组乳腺癌数据集 |
| MetaGxOvarian | 本杰明Haibe-Kains | 卵巢癌转录组数据集 |
| MetaGxPancreas | 本杰明Haibe-Kains | 胰腺癌转录组数据集 |
| metaMSdata | Yann Guitton | metaMS包示例提供数据 |
| MethylAidData | m . van Iterson | MethylAid-summarized 2800 Illumina公司450 k阵列数据样本和2620年史诗数组样本 |
| methylclockData | 悲哀Pelegri-Siso | 数据methylclock包 |
| MethylSeqData | 彼得希 | 公共DNA甲基化测序数据集的集合 |
| MicrobiomeBenchmarkData | 撒母耳Gamboa | 数据集的基准测试微生物的研究 |
| microbiomeDataSets | 狮子座拉赫蒂 | 基于微生物数据集实验中心 |
| microRNAome | 马修·n·考尔 | SummarizedExperiment microRNAome项目 |
| MIGSAdata | 胡安·c·罗德里格斯 | MIGSA装饰图案数据 |
| minfiData | Kasper丹尼尔·汉森 | 示例数据的Illumina公司甲基化450 k数组 |
| minfiDataEPIC | Kasper丹尼尔·汉森 | 示例数据的Illumina公司甲基化史诗数组 |
| minionSummaryData | 迈克•史密斯 | 总结奴才测序数据由阿什顿et al。2015年出版 |
| miRcompData | 马修·n·考尔 | 数据用于miRcomp包 |
| miRNATarget | Y-h。田口方法 | 人类/鼠标的microrna基因目标tabale用于海市蜃楼包 |
| MMAPPR2data | 乔纳森山 | MMAPPR2样本数据 |
| MMDiffBamSubset | Gabriele Schweikert | 例子ChIP-Seq MMDiff包的数据 |
| MOFAdata | 布丽塔一起创造Velten | 数据包Multi-Omics因子分析(外交部) |
| mosaicsExample | 东峻涌 | 马赛克包示例数据,实现了马赛克,MOSAiCS-HMM统计框架来分析一个样品或两个示例ChIP-seq转录因子的数据绑定和组蛋白修饰 |
| mouse4302barcodevecs | 马修·n·考尔 | mouse4302条码数据 |
| MouseGastrulationData | 乔纳森·格里菲思 | 单细胞跨鼠标原肠胚形成和器官发生早期组学数据 |
| MouseThymusAgeing | 迈克•摩根 | 衰老小鼠胸腺的单细胞转录组数据 |
| msd16s | 约瑟夫·n·保尔森 | 健康和中度到重度腹泻16 s表达数据 |
| msdata | 史蒂芬诺伊曼。劳伦与 | 各种质谱分析的原始数据文件示例 |
| msigdb | Dharmesh d Bhuva | 分子的ExperimentHub包签名数据库(MSigDB) |
| MSMB | 沃尔夫冈•休伯 | 数据集的书《现代统计生物学》 |
| msPurityData | 托马斯·n·劳森 | 碎片光谱库和数据测试msPurity包 |
| msqc1 | 基督教Panse | σ混合MSQC1数据 |
| mtbls2 | 史蒂芬诺依曼 | MetaboLights MTBLS2:比较LC / MS-based分析银nitrate-treated野生型拟南芥叶和cyp79B2 cyp79B3双迷人的植物。Bottcher et al。(2004) |
| MUGAExampleData | 丹尼尔•加蒂 | 例子{M}入海{你}niversal {G} enotyping{一}rray基因组数据重建和数量性状位点的映射。 |
| muscData | 海伦娜·l·克罗威尔 | 多试样多群scRNA-seq数据 |
| mvoutData | VJ凯里 | affy illumina公司原始数据,评估异常检测器的性能 |
| NanoporeRNASeq | 陈应 | 纳米孔RNA-Seq示例数据 |
| 纳米管 | 马尔特Thodberg | 鼠标纳米笼的数据 |
| NCIgraphData | 洛朗•雅各布 | 数据NCIgraph软件包 |
| NestLink | Lennart Opitz | NestLink R数据包通过工程肽条形码指导深入分析结合蛋白的集合体 |
| NetActivityData | 卡洛斯Ruiz-Arenas | 数据获取所需基因集分数NetActivity包 |
| Neve2006 | VJ凯里 | 表达在乳腺癌细胞系和全息数据 |
| NGScopyData | 小贝赵 | BAM的子集文件正常人类肿瘤和汇集的测序数据(赵et al . 2014年)NGScopy包 |
| nullrangesData | 迈克尔的爱 | ExperimentHub nullranges包的数据集 |
| NxtIRFdata | 亚历克斯芽黄黑 | 数据NxtIRF |
| ObMiTi | 奥马尔Elashkar | Ob / Ob小鼠正常数据和高脂肪的饮食 |
| oct4 | 迈克尔的爱 | 有条件的可拆卸的ESCs OCT4的老鼠 |
| octad.db | e·契卡林 | 打开发现癌症治疗(OCTAD)数据库 |
| OMICsPCAdata | Subhadeep Das | 为包OMICsPCA支持数据 |
| OnassisJavaLibs | 尤金尼亚Galeota | OnassisJavaLibs, java库运行conceptmapper和语义相似度 |
| optimalFlowData | 斯托伊Inouzhe | optimalFlowData |
| parathyroidSE | 迈克尔的爱 | RangedSummarizedExperiment RNA-Seq甲状旁腺肿瘤的主要文化的Haglund et al .,中国性金属底座2012。 |
| pasilla | 亚历杭德罗雷耶斯 | 数据包per-exon和每个基因阅读项RNA-seq样本Pasilla混战,布鲁克斯et al ., 2011基因组研究。 |
| pasillaBamSubset | Herve页面 | BAM的子集文件从“Pasilla”实验 |
| PasillaTranscriptExpr | 马格达雷娜Nowicka | 数据包与转录表达获得kallisto从pasilla混战RNA-Seq布鲁克斯的数据等。 |
| PathNetData | 路德维希Geistlinger | 实验数据PathNet包 |
| PCHiCdata | 米哈伊尔·Spivakov | 启动子捕获高c数据 |
| pcxnData | Sokratis Kariotis | 预定义的路径/基因之间的相关系数和p值集 |
| pd.atdschip.tiling | 克里斯托夫单词De Beuf | 平台设计信息Affymetrix Atdschip_tiling |
| pepDat | 升Sauteraud | 多肽微阵列数据的包 |
| PepsNMRData | 侬·马丁 | 数据集的PepsNMR包 |
| PhyloProfileData | Vinh Tran | 数据包使用PhyloProfile系统概要分析工具 |
| plasFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS等离子体数据集 |
| plotgardenerData | 妮可·克莱默 | 数据集和测试数据文件plotgardener包 |
| prebsdata | Karolis Uziela | 数据“prebs”包 |
| preciseTADhub | 米哈伊尔·Dozmorov | 使用preciseTAD Pre-trained随机森林模型获得 |
| PREDAsampledata | 弗朗西斯科·法拉利 | 表达在肾透明细胞癌和拷贝数的数据样本 |
| ProData | 小春就李 | SELDI-TOF乳腺癌样本的数据 |
| pRolocdata | 劳伦特与 | 伴随pRoloc包数据 |
| prostateCancerCamcap | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerGrasso | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerStockholm | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerTaylor | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| prostateCancerVarambally | 马克·邓宁 | 前列腺癌的数据 |
| ptairData | 卡米尔Roquencourt | PTR-TOF-MS volatolomics原始数据集从呼出空气和细胞培养顶部空间 |
| PtH2O2lipids | 詹姆斯•柯林斯 | p . tricornutum HPLC-ESI-MS脂质数据从范Creveld et al . (2015) |
| pumadata | Xuejun刘 | 不同的数据集使用彪马包 |
| PWMEnrich.Dmelanogaster.background | 迭戈Diez | d .腹PWMEnrich背景 |
| PWMEnrich.Hsapiens.background | 迭戈Diez | 智人PWMEnrich背景 |
| PWMEnrich.Mmusculus.background | 迭戈Diez | m .骶PWMEnrich背景 |
| pwrEWAS.data | Stefan Graw | pwrEWAS.data:Reference data accompanying pwrEWAS |
| QDNAseq.hg19 | 达乌德您 | hg19 QDNAseq本注释 |
| QDNAseq.mm10 | 达乌德您 | 本注释mm10 |
| qPLEXdata | 卡马尔•开发人员 | 数据陪同qPLEXanalyzer包 |
| QUBICdata | 余张 | 数据使用的小插图QUBIC包 |
| rcellminerData | 奥古斯汀卢娜,Vinodh拉贾帕克萨,Fathi Elloumi | rcellminerData:分子资料和药物反应NCI-60细胞系 |
| RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp | 莎拉Aibar | RcisTarget主题数据库对人类(hg19) - 4.6 k图案的子集 |
| ReactomeGSA.data | 约翰内斯偶联 | 同伴ReactomeGSA数据包的包 |
| RegParallel | 凯文Blighe | 标准回归函数在R支持并行处理大型数据帧 |
| restfulSEData | Bioconductor包维护者 | 元数据“restfulSE”R包 |
| RforProteomics | 劳伦特与 | 伙伴计划的“蛋白质组学数据分析使用R和Bioconductor”出版 |
| RGMQLlib | 西蒙·帕洛 | RGMQLlib, java库运行GMQL scala API |
| rheumaticConditionWOLLBOLD | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 标准化的基因表达数据集出版的Wollbold等。[2009](Wollbold)。 |
| RITANdata | 迈克尔·齐默尔曼 | 这个包包含注释和网络数据集 |
| RLHub | 亨利米勒 | 一个ExperimentHub包访问RLSuite数据集处理 |
| RMassBankData | 迈克尔•Stravs艾玛Schymanski | 测试数据集RMassBank |
| RNAinteractMAPK | 迈克•史密斯 | 信号网络的映射通过合成基因RNAi的交互分析 |
| RNAmodR.Data | Felix通用恩斯特 | RNAmodR包示例数据 |
| RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 | Herve页面 | 对齐读取从RNAseq实验:高通量测序转录剖析的HNRNPC击倒和控制海拉细胞 |
| RNASeqRData | Kuan-Hao曹国伟 | RNASeqRData: RNASeqR软件包演示的示例数据 |
| RnaSeqSampleSizeData | 石林赵 | RnaSeqSampleSizeData |
| RnBeads.hg19 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.hg19 |
| RnBeads.hg38 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.hg38 |
| RnBeads.mm10 | RnBeads团队 | RnBeads.mm10 |
| RnBeads.mm9 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.mm9 |
| RnBeads.rn5 | RnBeadsAnnotationCreator | RnBeads.rn5 |
| RRBSdata | 卡佳Hebestreit | 一个rrb与12个样本和10000个模拟dmr数据集 |
| rRDPData | 迈克尔Hahsler | 数据库默认RDP分类器 |
| RTCGA.clinical | Marcin辛斯 | 临床数据集从癌症基因组图谱项目 |
| RTCGA.CNV | Marcin辛斯 | CNV(人类基因组变异)数据集从癌症基因组图谱项目 |
| RTCGA.methylation | Marcin辛斯 | 癌症基因组的甲基化数据集Atlas项目 |
| RTCGA.miRNASeq | Marcin辛斯 | 从癌症基因组图谱项目miRNASeq数据集 |
| RTCGA.mRNA | Marcin辛斯 | 信使rna在癌症基因组图谱项目数据集 |
| RTCGA.mutations | Marcin辛斯 | 突变的癌症基因组数据集Atlas项目 |
| RTCGA.PANCAN12 | Marcin辛斯 | 癌症基因组浏览器PanCan 12 |
| RTCGA.rnaseq | Marcin辛斯 | 从癌症基因组图谱项目Rna-seq数据集 |
| RTCGA.RPPA | Marcin辛斯 | 从癌症基因组图谱项目RPPA数据集 |
| RUVnormalizeData | 洛朗•雅各布 | 性别RUVnormalize包的数据 |
| sampleClassifierData | 岩洞里埃尔领导的 | 预处理数据使用sampleClassifier包 |
| SBGNview.data | Weijun罗 | 支持数据集SBGNview包 |
| scanMiRData | Fridolin总值 | microrna的关联模型scanMiR包 |
| scATAC.Explorer | Arrian Gibson-Khademi | 一个单细胞ATAC测序数据集和相应的元数据的集合 |
| SCATEData | Wenpin侯 | 数据SCATE(单细胞ATAC-seq信号提取和增强) |
| SCLCBam | 奥斯卡Krijgsman | 序列数据的第4染色体小细胞肺癌肿瘤 |
| scpdata | 克利斯朵夫Vanderaa | 单细胞蛋白质组学数据的包 |
| scRNAseq | 亚伦Lun | 公共单细胞RNA-Seq数据集的集合 |
| scTHI.data | 米歇尔·切 | 包包含单个细胞的例子数据用于小插曲和scTHI包的例子;数据从公共数据集包含肿瘤细胞和免疫细胞的神经胶质瘤 |
| seq2pathway.data | Arjun Kinstlick | 数据集seq2pathway R包 |
| seqc | 杨辽、魏史 | 从SEQC RNA-seq生成的数据(MAQC-III)研究 |
| seqCNA.annot | 大卫Mosen-Ansorena | 注释的拷贝数分析深度测序与seqCNA癌症数据 |
| serumStimulation | Morten汉森 | serumStimulation数据包是在包pcaGoPromoter所使用的例子 |
| sesameData | 扫读周 | 支持数据芝麻包 |
| seventyGeneData | 路易吉马尔基奥尼 | ExpressionSets从货车转向和van de Vijver乳腺癌研究 |
| SFEData | λ摩西 | SpatialFeatureExperiment示例数据集 |
| shinyMethylData | 让-菲利普•福丁 | 为shinyMethyl示例数据集的输入数据 |
| signatureSearchData | 布伦丹Gongol | 数据集对signatureSearch包 |
| SimBenchData | 曹曰 | SimBenchData:一组35单细胞RNA-seq数据覆盖范围广泛的特点 |
| simpIntLists | Kircicegi Korkmaz | 包包含BioGRID交互为各种生物在一个简单的格式 |
| Single.mTEC.Transcriptomes | 亚历杭德罗雷耶斯 | 单细胞鼠标mTEC细胞的转录组数据和分析 |
| SingleCellMultiModal | 马塞尔·拉莫斯 | 集成多单细胞实验数据集 |
| SingleMoleculeFootprintingData | 圭多Barzaghi | 数据支持SingleMoleculeFootprinting包裹 |
| SNAData | 丹尼斯Scholtens | 社会网络分析数据的例子 |
| SNAGEEdata | 大卫Venet | SNAGEE数据 |
| SNPhoodData | 基督教阿诺德 | 更多和更复杂的示例数据SNPhood包 |
| SomatiCAData | Mengjie陈 | 一个例子为SomatiCA包癌症全基因组测序数据 |
| SomaticCancerAlterations | 朱利安格林 | 体细胞癌改变 |
| spatialDmelxsim | 迈克尔的爱 | 空间等位基因表达飞叉胚胎 |
| spatialLIBD | 莱昂纳多Collado-Torres | spatialLIBD: R / Bioconductor包可视化在转录组数据 |
| SpikeIn | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix激增的实验数据 |
| SpikeInSubset | 拉斐尔·a·伊 | Affymetrix激增的一部分实验数据 |
| spqnData | 易王 | spqn包的数据 |
| stemHypoxia | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 缺氧下分化人类胚胎干细胞的基因表达数据集Prado-Lopez et al。(2010) |
| STexampleData | 卢卡斯·m·韦伯 | 收集在转录组数据集在SpatialExperiment Bioconductor格式 |
| stjudem | Joern Toedling | 微阵列数据从MACAT格式的杨紫琼等人 |
| SVM2CRMdata | Guidantonio Malagoli Tagliazucchi | 一个示例数据集用于SVM2CRM包 |
| synapterdata | 劳伦特与 | 伴随synapter包数据 |
| systemPipeRdata | 托马斯Girke | systemPipeRdata:工作流模板和示例数据 |
| TabulaMurisData | 夏洛特Soneson | 10 x和横膈SmartSeq2数据缪里斯财团 |
| TabulaMurisSenisData | 夏洛特Soneson | 散装和单细胞RNA-seq数据从横膈缪里斯Senis项目 |
| TargetScoreData | 李越 | TargetScoreData |
| TargetSearchData | Alvaro Cuadros-Inostroza | gc - ms数据例子TargetSearch包 |
| 鞑靼 | 基督教Panse | 记录在原始地面光谱热费希尔科学质谱仪 |
| TBX20BamSubset | d . Bindreither | BAM的子集文件从“TBX20”实验 |
| TCGAbiolinksGUI.data | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | TCGAbiolinksGUI包的数据 |
| TCGAcrcmiRNA | 克劳迪奥·Isella | TCGA CRC 450 microrna的数据集 |
| TCGAcrcmRNA | 克劳迪奥·Isella | TCGA CRC 450 mRNA的数据集 |
| TCGAMethylation450k | 肖恩·戴维斯 | 癌症基因组图谱Illumina公司450 k甲基化示例数据 |
| TCGAWorkflowData | 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 | 数据,TCGA工作流 |
| TENxBrainData | Bioconductor包维护者 | 数据从10 x 130万大脑细胞研究 |
| TENxBUSData | λ摩西 | 单细胞总线格式的数据集从10倍 |
| TENxPBMCData | 斯蒂芬妮·希克斯 | 从10倍基因组PBMC数据 |
| TENxVisiumData | 海伦娜·l·克罗威尔 | Visium空间通过10倍基因组基因表达数据 |
| timecoursedata | 内尔Varoquaux | 一个数据包timecourse RNA-seq和微阵列基因表达数据集 |
| TimerQuant | 约瑟夫·巴里 | 定时定量 |
| tinesath1cdf | 齿Casneuf | tinesath1cdf |
| tinesath1probe | 齿Casneuf | tinesath1微阵列探针序列数据的类型 |
| tissueTreg | 查尔斯Imbusch | TWGBS和RNA-seq数据组织T调节细胞从老鼠 |
| TMExplorer | 埃里克·克里斯坦森 | 肿瘤微环境的集合单细胞RNA序列数据集和相应的元数据 |
| tofsimsData | 洛伦兹格柏 | 进口,ToF-SIMS成像数据的处理和分析 |
| topdownrdata | 塞巴斯蒂安·吉布 | 示例文件topdownr R包 |
| 肺结核 | 卢卡斯希弗 | 结核病基因表达数据机器学习 |
| tweeDEseqCountData | 胡安·R·冈萨雷斯 | RNA-seq计数数据使用的小插图tweeDEseq包 |
| tximportData | 迈克尔的爱 | tximportData |
| VariantToolsData | 迈克尔•劳伦斯 | 数据VariantTools教程 |
| VectraPolarisData | “茱莉亚 | 威达北极星和威达3多元单细胞成像数据 |
| vulcandata | 费德里科•m . Giorgi | 使用网络虚拟ChIP-Seq数据分析,虚拟数据集 |
| WeberDivechaLCdata | 卢卡斯·m·韦伯 | 在转录组和single-nucleus RNA-sequencing数据从蓝斑(LC)在后期人类大脑样本 |
| WES.1KG.WUGSC | 江刘宇超(音) | 全外显子组测序(韦斯)的染色体22 401 500 1000人基因的外显子(1公斤)项目由华盛顿大学基因组测序中心(WUGSC)。 |
| WGSmapp | 如金王 | Mappability追踪编码的全基因组测序项目 |
| xcoredata | Maciej Migdał | 数据包xcore |
| XhybCasneuf | Tineke Casneuf | EBI /公安局cross-hybridisation研究方案 |
| yeastCC | Sandrine Dudoit | 首位et al。(1998)和Pramila /布里登(2006)酵母细胞周期微阵列数据 |
| yeastExpData | r .绅士 | 酵母实验数据 |
| yeastGSData | r .绅士 | 酵母黄金标准数据 |
| yeastNagalakshmi | Bioconductor包维护者 | 根据Nagalakshmi酵母RNA基因组测序数据等。 |
| yeastRNASeq | j·布拉德 | 酵母RNA-Seq实验数据从李et al . 2008 |
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