cytomapper

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytomapper

高R中的多路图像数据的可视化

Bioconductor版本:版本(3.16)

高度多路复用成像获得的单细胞表达蛋白在选择时尚。这些测量跨多个长度尺度得以成像。首先,进行像素级强度代表最高分辨率的空间分布特性表达式。第二,分割后,表达式的值或具有元数据(如程控信息)得以成像分割细胞区域。这个包包含可视化功能的多路复用家里和具有信息通过多路复用成像技术。这个包的主要功能允许1。跨多个渠道进行像素级信息的可视化,2。具有信息的显示表达式和/或元数据分割面具和3。控制和可视化的单个细胞。

作者:Nils鹅岭(aut (cre)尼古拉•Damond (aut),托拜厄斯霍克(施)

维护人员:Nils鹅岭<尼尔斯。在引导dqbm.uzh.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cytomapper”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	在磁盘上存储的图片
HTML	R脚本	在R的可视化成像血细胞计数数据
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,OneChannel,SingleCell,软件,TwoChannel
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),EBImage,SingleCellExperiment、方法
进口	SpatialExperiment,S4Vectors,BiocParallel,HDF5Array,DelayedArray,RColorBrewer,冬青跑龙套,SummarizedExperiment、工具、图形光栅grDevices统计数据,ggplot2,ggbeeswarm,svgPanZoom,svglite,闪亮的,shinydashboard,matrixStats,rhdf5,nnls
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,cowplot,testthat,shinytest
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper/issues
取决于我	imcdatasets
进口我	imcRtools,simpleSeg
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cytomapper_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	cytomapper_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cytomapper_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cytomapper_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytomapper
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytomapper
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cytomapper/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytomapper/
包下载报告	下载数据