crisprDesign

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprDesign

综合设计CRISPR gRNAs核酸酶和基本编辑

Bioconductor版本:版本(3.16)

提供了一套综合的功能设计和注释CRISPR指导RNA (gRNAs)序列。这包括,非目标搜索、目标效率得分,不相干的得分,完整的基因和TSS上下文注释,SNP注释(人类)。它目前支持五种CRISPR模式(扰动模式):CRISPR淘汰赛,CRISPR激活,CRISPR抑制,CRISPR基地编辑和CRISPR击倒。支持所有类型的CRISPR核酸酶,包括DNA, RNA-target核酸酶,如Cas9 Cas12a, Cas13d。编辑器还支持所有类型的基地。gRNA设计可以参考基因组,转录组和自定义DNA和RNA序列。未配对和成对gRNA设计都启用。

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre),卢克Hoberecht (aut)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“crisprDesign”)):

安装

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews CRISPR,FunctionalGenomics,GeneTarget,软件
版本 1.0.0
Bioconductor自 BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 4.2.0),crisprBase(> = 1.1.3)
进口 AnnotationDbi,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,crisprBowtie(> = 0.99.8),crisprScore(> = 1.1.6),GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges(> = 1.38.0),IRanges,矩阵,MatrixGenerics、方法、rtracklayer,S4Vectors,统计,跑龙套,VariantAnnotation
链接
建议 biomaRt,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BiocStyle,crisprBwa(> = 0.99.7),knitr,rmarkdown,Rbowtie,Rbwa,RCurl,testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/crisprVerse/crisprDesign
BugReports https://github.com/crisprVerse/crisprDesign/issues
取决于我 crisprViz
进口我 crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 crisprDesign_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 crisprDesign_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64) crisprDesign_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64) crisprDesign_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprDesign
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprDesign
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/crisprDesign/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/crisprDesign/
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