crisprBowtie

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBowtie

这是发展crisprBowtie版本;稳定的发布版本,请参阅crisprBowtie。

Bowtie-based对齐的CRISPR gRNA间隔序列

Bioconductor版本:发展(3.16)

提供了一个用户友好的界面来映射目标和非目标CRISPR gRNA间隔序列使用领结。对齐快,可以使用常用的或自定义执行CRISPR核酸酶。对齐方式可以处理任何参考或自定义的基因组。支持DNA和RNA-targeting核酸酶。

作者:让-菲利普•福丁(aut (cre)

维护人员:让-菲利普•福丁< fortin946 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“crisprBowtie”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“crisprBowtie”)

HTML	R脚本	介绍crisprBowtie
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,CRISPR,FunctionalGenomics,软件
版本	1.1.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	方法
进口	BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,crisprBase(> = 0.99.15),GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,Rbowtie,readr统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Jfortin1/crisprBowtie
BugReports	https://github.com/Jfortin1/crisprBowtie/issues
取决于我
进口我	crisprDesign,crisprVerse
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	crisprBowtie_1.1.1.tar.gz
Windows二进制	crisprBowtie_1.1.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	crisprBowtie_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBowtie
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprBowtie
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crisprBowtie/
包下载报告	下载数据