carpartmap
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doi：10.18129/b9.bioc.compartmap
这是发展cardmap的版本；对于稳定版本，请参阅carpartmap。
从SCRNA-SEQ和SCATAC-SEQ中的单个细胞中的高阶染色质结构域推断
生物导体版本：开发（3.16）
Carpartmap从SCRNA-SEQ和SCATAC-SEQ中直接推断高阶染色质。该软件包实现了用于计算单细胞水平高阶染色质结构域的詹姆斯 - 斯坦估计器。此外，我们利用随机矩阵理论作为脱氧相关矩阵的一种方法，以实现与HI-C和SCHI-C数据中观察到的类似的“格子样”模式。
作者：本杰明·约翰逊（Benjamin Johnson）[AUT，CRE]，Tim Triche [aut]，Hui Shen [aut]，Kasper Hansen [aut]，Jean-Philippe Fortin [aut]
维护者：本杰明·约翰逊（Benjamin Johnson）
引用（从r内，输入引用（“ carcartmap”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ campartmap”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ carcartmap”）
| html | R脚本 | 具有carbartmap的高阶染色质推断 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | Atacseq，，，，表观遗传学，，，，遗传学，，，，rnaseq，，，，Singlecell，，，，软件 |
| 版本 | 1.15.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（4年） |
| 执照 | GPL-3 +文件执照 |
| 要看 | r（> = 4.1.0），总结性特征，，，，破烂的经历，，，，生物兴奋，，，，HDF5Array |
| 进口 | 基因组机，平行，网格，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，秤，，，，延迟，，，，rtracklayer，，，，延迟的matrixstats，，，，矩阵，，，，rmtstat |
| 链接 | |
| 建议 | COVR，，，，测试，，，，尼特，，，，RCPP，，，，rmarkDown，，，，降价 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/biobenkj/compartmap |
| BugReports | https://github.com/biobenkj/compartmap/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | cartmap_1.15.0.tar.gz |
| Windows二进制 | cartmap_1.15.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | cartmap_1.15.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compartmap |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/carbartmap |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/compartmap/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
