clustifyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.clustifyr

基于细胞簇的单细胞rna序列分类器

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于帮助使用外部参考数据(例如，bulk RNA-seq, scRNA-seq, microarray，基因列表)从单细胞RNA测序数据中分类细胞的包。提供了多种基于相关性的方法和基因列表富集方法来辅助细胞类型分配。

作者:Rui Fu [aut]， Kent Riemondy [cre, aut]， Austin Gillen [ctb]， Chengzhe Tian [ctb]， Jay Hesselberth [ctb]， Yue Hao [ctb]， Michelle Daya [ctb]， Sidhant Puntambekar [ctb]， RNA生物科学计划[fnd, cph]

维护者:Kent Riemondy < Kent。Riemondy在cuanschutz.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“clustifyr”)

超文本标记语言	R脚本	geo-annotations
超文本标记语言	R脚本	clustifyr简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，GeneExpression，微阵列，测序，SingleCell，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	cowplot，dplyr，熵，fgsea，ggplot2，矩阵，readr，rlang，尺度，stringr，宠物猫，tidyr，统计，方法，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，matrixStats，S4Vectors，代理，httr,跑龙套
链接
建议	ComplexHeatmap，covr，knitr，rmarkdown，testthat，ggrepel，BiocStyle，BiocManager，遥控器，闪亮的，修拉，gprofiler2，purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rnabioco/clustifyrhttps://rnabioco.github.io/clustifyr/
BugReports	https://github.com/rnabioco/clustifyr/issues
全靠我
进口我
建议我	clustifyrdatahub
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	clustifyr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	clustifyr_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	clustifyr_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	clustifyr_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustifyr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clustifyr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/clustifyr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clustifyr/
软件包下载报告	下载数据