cellHTS2

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellHTS2

细胞筛选的分析。cellHTS的修订版

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了分析以微量滴定板格式(包括但不限于384孔板)进行的高通量分析的工具。功能包括数据导入和管理、规范化、质量评估、复制摘要和统计评分。生成一个网页，提供数据和分析结果的详细图形概述。在我们的工作中，我们已经将该包应用于苍蝇和人类细胞的RNAi筛选，以及酵母文库的筛选。参见?cellHTS2获得简要介绍。

作者:Ligia Bras, Wolfgang Huber ， Michael Boutros ， Gregoire Pau ， Florian Hahne < Florian。Hahne在novarti.com >

维护者:Joseph Barry < Joseph。Barry在embl.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cellHTS2”)

PDF	R脚本	主要插图(完整版本):基于单元格的屏幕的端到端分析
PDF	R脚本	主要插图:基于单元的屏幕的端到端分析
PDF	R脚本	补充:增强-抑制筛选
PDF	R脚本	补充:多通道测定
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays，ImmunoOncology，预处理，软件，可视化
版本	2.62.0
在Bioconductor	BioC 2.1 (R-2.6)(15.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，RColorBrewer，Biobase、方法、genefilter，splots，vsn，hwriter，locfit、网格
进口	GSEABase，类别stats4,BiocGenerics
链接
建议	ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.dkfz.de/signalinghttp://www.ebi.ac.uk/huber
全靠我	imageHTS，staRank
进口我	gespeR，RNAinteract
建议我	bioassayR
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cellHTS2_2.62.0.tar.gz
Windows二进制	cellHTS2_2.62.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cellHTS2_2.62.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cellHTS2_2.62.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellHTS2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cellHTS2
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cellHTS2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cellHTS2/
软件包下载报告	下载数据