celda

DOI:10.18129 / B9.bioc.celda

细胞潜狄利克雷分配

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Celda是一套用于聚类单细胞rna测序(scRNA-seq)数据的贝叶斯分层模型。它能够进行“双聚类”,同时将基因聚成基因模块,将细胞聚成细胞亚群。它还包含DecontX,一种新的贝叶斯方法,在没有空液滴信息的情况下,计算估计和去除单个细胞中的RNA污染。还包括各种scRNA-seq数据可视化功能。

作者:Joshua Campbell [aut, cre],杨士义[aut],王哲[aut], Sean Corbett [aut],古贺祐介[aut]

维护者:Joshua Campbell

引文(从R内,输入引用(“celda”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“celda”)

超文本标记语言 R脚本 用celda分析单细胞基因组数据
超文本标记语言 R脚本 使用DecontX估计和去除单细胞数据中环境RNA的交叉污染
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 贝叶斯聚类DataImportGeneExpressionImmunoOncology测序SingleCell软件
版本 1.14.2
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0),SingleCellExperiment矩阵
进口 plyrforeachggplot2RColorBrewer、网格尺度gtable, grDevices,图形,matrixStatsdoParallel消化、方法、reshape2S4Vectorsdata.tableRcppRcppEigenuwotenrichRSummarizedExperimentMCMCprecisionggrepelRtsnewithr(> = 1.14.4),食物dbscanDelayedArraystringrComplexHeatmapmultipanelfigurecirclize
链接 RcppRcppEigen
建议 testthatknitrroxygen2rmarkdownbiomaRtcovrBiocManagerBiocStyleTENxPBMCDatasingleCellTKM3DExampleData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/campbio/celda/issues
全靠我
进口我 singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 celda_1.14.2.tar.gz
Windows二进制 celda_1.14.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) celda_1.14.2.tgz
macOS二进制文件(arm64) celda_1.14.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/celda
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/celda/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/celda/
软件包下载报告 下载数据
BioC 3.16的旧源包 源存档

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网