celda

DOI:10.18129 / B9.bioc.celda

细胞潜狄利克雷分配

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Celda是一套用于聚类单细胞rna测序(scRNA-seq)数据的贝叶斯分层模型。它能够进行“双聚类”，同时将基因聚成基因模块，将细胞聚成细胞亚群。它还包含DecontX，一种新的贝叶斯方法，在没有空液滴信息的情况下，计算估计和去除单个细胞中的RNA污染。还包括各种scRNA-seq数据可视化功能。

作者:Joshua Campbell [aut, cre]，杨士义[aut]，王哲[aut]， Sean Corbett [aut]，古贺祐介[aut]

维护者:Joshua Campbell

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“celda”)

超文本标记语言	R脚本	用celda分析单细胞基因组数据
超文本标记语言	R脚本	使用DecontX估计和去除单细胞数据中环境RNA的交叉污染
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件
版本	1.14.2
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，SingleCellExperiment，矩阵
进口	plyr，foreach，ggplot2，RColorBrewer、网格尺度，gtable， grDevices，图形，matrixStats，doParallel，消化、方法、reshape2，S4Vectors，data.table，Rcpp，RcppEigen，uwot，enrichR，SummarizedExperiment，MCMCprecision，ggrepel，Rtsne，withr，嘘(> = 1.14.4),食物，dbscan，DelayedArray，stringr，ComplexHeatmap，multipanelfigure，circlize
链接	Rcpp，RcppEigen
建议	testthat，knitr，roxygen2，rmarkdown，biomaRt，covr，BiocManager，BiocStyle，TENxPBMCData，singleCellTK，M3DExampleData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/celda/issues
全靠我
进口我	singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	celda_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	celda_1.14.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	celda_1.14.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	celda_1.14.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/celda
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/celda/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/celda/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档