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DOI:10.18129 / B9.bioc.categoryCompare
使用特征注释的高通量实验元分析
Bioconductor版本:发行版(3.16)
计算两个(或多个)特征(即基因)列表中的每个特征(即基因)中的重要注释(类别)，确定注释之间的重叠，并返回关于重要注释的图形和表格数据，以及哪些特征列表组合的注释被发现是显著的。交互式探索可以通过使用RCytoscape(强烈建议使用)来实现。
作者:Robert M. Flight
维护者:Robert M. Flight
引文(从R内，输入引用(“categoryCompare”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“categoryCompare”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | categoryCompare:使用基因注释的高通量数据元分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，去，GeneExpression，MultipleComparison，通路，软件 |
| 版本 | 1.42.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(11年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (>= 2.10)，Biobase，BiocGenerics(> = 0.13.8) |
| 进口 | AnnotationDbi，hwriter，GSEABase，类别(> = 2.33.1),GOstats，注释，色彩，图，RCy3(>= 1.99.29)，方法，grDevices, utils |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，GO.db，KEGGREST，雌激素，org.Hs.eg.db，hgu95av2.db，limma，affy，genefilter，rmarkdown |
| SystemRequirements | 细胞图(>= 3.6.1)(如果用于结果可视化，强烈建议) |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/rmflight/categoryCompare |
| BugReports | https://github.com/rmflight/categoryCompare/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | categoryCompare_1.42.0.tar.gz |
| Windows二进制 | categoryCompare_1.42.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | categoryCompare_1.42.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | categoryCompare_1.42.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/categoryCompare |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/categoryCompare |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/categoryCompare/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/categoryCompare/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
