cBioPortalData

DOI:10.18129 / B9.bioc.cBioPortalData

暴露并提供来自cBioPortal web资源的数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

cBioPortalData R包访问来自cBio癌症基因组学门户的研究数据集。它可以从预打包的zip / tar文件中访问数据，也可以从cBioPortal数据团队最近实现的API接口中访问数据。该包可以以表格格式或MultiAssayExperiment对象提供数据，MultiAssayExperiment对象使用熟悉的Bioconductor数据表示。

作者:Levi Waldron [aut]， Marcel Ramos [aut, cre]，卡里姆·梅周德[ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cBioPortalData”)

超文本标记语言	R脚本	cBioPortal数据构建错误
超文本标记语言	R脚本	cBioPortal开发者指南
超文本标记语言	R脚本	cBioPortalData用户指南
超文本标记语言	R脚本	cgdsr到cBioPortalData迁移
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本	2.10.3
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)，铁砧(> = 1.7.1上),MultiAssayExperiment
进口	BiocFileCache(> = 1.5.3)更正,消化,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicRanges,httr,IRanges、方法、readr,RaggedExperiment,RTCGAToolbox(> = 2.19.7),S4Vectors,SummarizedExperiment统计数据,宠物猫,tidyr,TCGAutils(>= 1.9.4)， utils
链接
建议	BiocStyle,knitr,生存,survminer,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/cBioPortalData/issues
全靠我
进口我	cbaf,LowMACA,PrecisionTrialDrawer
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	cBioPortalData_2.10.3.tar.gz
Windows二进制	cBioPortalData_2.10.3.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cBioPortalData_2.10.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cBioPortalData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cBioPortalData
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cBioPortalData/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cBioPortalData/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档