bsseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bsseq

这是发展bsseq的版本;稳定版请参见bsseq

分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

一组分析和可视化亚硫酸氢盐测序数据的工具。

作者:Kasper Daniel Hansen [aut, cre], Peter Hickey [aut]

维护者:Kasper Daniel Hansen

引文(从R内,输入引用(“bsseq”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("bsseq")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“bsseq”)

超文本标记语言 R脚本 用bsseq分析WGBS数据
超文本标记语言 R脚本 bsseq用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylation软件
版本 1.33.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 4.0),方法,BiocGenericsGenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5)
进口 IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb尺度,统计,图形,Biobaselocfitgtoolsdata.table(> = 1.11.8),S4Vectors(> = 0.27.12),R.utils(> = 2.0.0),DelayedMatrixStats(> = 1.5.2),交换limmaDelayedArray(> = 0.15.16),RcppBiocParallelBSgenomeBiostrings跑龙套,HDF5Array(> = 1.19.11),rhdf5
链接 Rcppbeachmat
建议 testthatbsseqDataBiocStylermarkdownknitr矩阵doParallelrtracklayerBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38beachmat(> = 1.5.2),BatchJobs
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq
BugReports https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues
全靠我 biscuiteerbsseqDatadmrseqDSS
进口我 北欧化工DMRcateMethCPmethylCCmethylSig米拉NanoMethVizscmeth
建议我 methrixtissueTreg
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 bsseq_1.33.0.tar.gz
Windows二进制 bsseq_1.33.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) bsseq_1.33.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bsseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/bsseq/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网