bsseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.bsseq

这是发展bsseq的版本;稳定版请参见bsseq．

分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

一组分析和可视化亚硫酸氢盐测序数据的工具。

作者:Kasper Daniel Hansen [aut, cre]， Peter Hickey [aut]

维护者:Kasper Daniel Hansen

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("bsseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“bsseq”)

超文本标记语言	R脚本	用bsseq分析WGBS数据
超文本标记语言	R脚本	bsseq用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，软件
版本	1.33.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0)，方法，BiocGenerics，GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5)
进口	IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb，尺度，统计，图形，Biobase，locfit，gtools，data.table(> = 1.11.8),S4Vectors(> = 0.27.12),R.utils(> = 2.0.0),DelayedMatrixStats(> = 1.5.2),交换，limma，DelayedArray(> = 0.15.16),Rcpp，BiocParallel，BSgenome，Biostrings跑龙套,HDF5Array(> = 1.19.11),rhdf5
链接	Rcpp，beachmat
建议	testthat，bsseqData，BiocStyle，rmarkdown，knitr，矩阵，doParallel，rtracklayer，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，beachmat(> = 1.5.2),BatchJobs
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq
BugReports	https://github.com/kasperdanielhansen/bsseq/issues
全靠我	biscuiteer，bsseqData，dmrseq，DSS
进口我	北欧化工，DMRcate，MethCP，methylCC，methylSig，米拉，NanoMethViz，scmeth
建议我	methrix，tissueTreg
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	bsseq_1.33.0.tar.gz
Windows二进制	bsseq_1.33.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	bsseq_1.33.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bsseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/bsseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/bsseq/
软件包下载报告	下载数据