饼干

doi：10.18129/b9.bioc.biscuiteer

这是发展Biscuiteer的版本；对于稳定版本，请参阅饼干。

饼干的便利功能

生物导体版本：开发（3.16）

饼干输出的BSSEQ加载的测试安全带，在定义区域和可映射样品中对WGB数据的汇总，有或没有插补，大多数降低了NA行，年龄估计等等。

作者：Tim Triche [Aut]，Wanding Zhou [Aut]，Benjamin Johnson [Aut]，Jacob Morrison [Aut，Cre]，Lyong Heo [Aut]，James Eapen [AUT]

维护者：雅各布·莫里森（Jacob Morrison）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ biscuiteer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Biscuiteer”）

html	R脚本	饼干用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，DataImport，，，，甲基，，，，软件
版本	1.11.2
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.1.0），Biscuiteerdata，，，，BSSEQ
进口	readr，，，，Qualv，，，，矩阵，，，，算，，，，HDF5Array，，，，S4VECTORS，，，，rsamtools，，，，Data.Table，，，，生物酶，，，，基因组机，，，，iranges，，，，生物基因，，，，变体，，，，延迟的matrixstats，，，，总结性特征，，，，GenomeInfodB，，，，mus.musculus，，，，同性恋，，，，矩阵，，，，rtracklayer，，，，QDNASEQ，，，，DMRSEQ，方法，utils，r.utils，，，，gtools，，，，生物比较
链接
建议	DSS，，，，COVR，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，降价，，，，rlang，，，，Scmeth，，，，pkgdown，，，，roxygen2，，，，测试，，，，qdnaseq.hg19，，，，qdnaseq.mm10，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	https://github.com/trichelab/biscuiteer
BugReports	https://github.com/trichelab/biscuiteer/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	biscuiteer_1.11.2.tar.gz
Windows二进制	biscuiteer_1.11.2.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	biscuiteer_1.11.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biscuiteer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/饼干器
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/biscuiteer/
软件包下载报告	下载统计