参数< -列表(测试= FALSE) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)图书馆(BiocStyle) # #——警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #加载所需的包库(Statial)库(tidyverse)库(SingleCellExperiment) theme_set (theme_classic ()) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #从Bioconductor #如果(安装包!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) {# install.packages (BiocManager) #} # BiocManager::安装(“Statial”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #头部和颈部数据加载数据(“headSCE”) #检查图像中的所有细胞类型独特(headSCE cellType美元)#建立肿瘤细胞群< - c(“那么”、“星际2”,“SC3”、“SC4”、“SC5”、“SC6”、“SC7”) bcells < - c(群体BC1、BC2”、“BC3”) t < - c (“TC_CD4”、“TC_CD8”)骨髓< - c(“哪”,“MC2”、“MC3”)内皮< - c (“EC1”、“EC2”)上皮组织< < - c (EP) - c(内皮细胞,上皮)免疫< - c (bcells, t细胞,骨髓,GC) # GC =粒细胞所有< - c(肿瘤、组织、免疫“定义”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CD4_Konditional < - Konditional(细胞= headSCE, r = 50,从=“TC_CD4”=“那么”,父母=免疫,核= 1)头(CD4_Konditional) # #——无花果。宽= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggplot (CD4_Konditional, aes(原始x = y = konditional坳= imageID)) + geom_point(大小= 2)+ geom_hline (yintercept = 0,坳=“红色”,线型=“冲”)+ geom_vline (xintercept = 0,坳=“红色”,线型=“冲”)+主题(axis.title。x = element_text(大小= 14),axis.text。x = element_text(大小= 10),axis.text。y = element_text(大小= 10),axis.title。y = element_text(大小= 14))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #得到所有细胞类型之间的关系和他们的父母parentDf < - parentCombinations(=所有、肿瘤、bcells t细胞,骨髓,内皮细胞、上皮细胞、组织,免疫)头(parentDf) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #选择图1作为例子image_1 < - headSCE | > colData () | > data.frame() | >过滤器(imageID = =“1”) image1_Konditional < - Konditional(细胞= image_1 parentDf = parentDf [1:20,], r = 50,核= 1)头(image1_Konditional) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(“kerenImage”) kerenImage | >过滤器(cellType % % c(“角蛋白+肿瘤”,“免疫”,“p53”))安排(cellType) | | > > ggplot (aes (x = x, y = y,颜色= cellType)) + geom_point(大小= 1)+ scale_colour_manual(值= c (“505050 #”、“# D6D6D6”、“# 64 bc46”)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rsDf < - rsCurve(细胞= kerenImage从=“p53”=“免疫”,父母= c (“p53”、“角蛋白+肿瘤”),rs = seq(510, 100),核= 1)ggplotRs (rsDf) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()