trena

DOI:10.18129 / B9.bioc.trena

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅trena。

适合使用基因表达转录调控网络,先知先觉,机器学习

Bioconductor版本:3.16

转录调控网络的方法重建,尤其是在物种的全基因组TF结合位点信息是可用的。

作者:赛斯智力缺陷者<赛斯。智力缺陷者在systemsbiology.org >,马修·理查兹保罗•香农< pshannon systemsbioloyg.org > < mrichard systemsbiology.org >

维修工:保罗·香农< paul.thurmond。香农在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“trena”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“trena”)

HTML	R脚本	简要介绍TReNA
HTML		案例四:一种新型调节器的GATA2 erythropoieis吗?
HTML		案例一:再现已知批量GATA1 RNA-seq NFE2监管
HTML		案例三:复制被监管的NFE2 GATA1散装RNA-seq
HTML		案例研究两个繁殖已知的监管NFE2 GATA1在erytrhop RNA-seq
HTML	R脚本	探索输出控制
HTML	R脚本	小装饰图案的例子
HTML	R脚本	TRENA:计算预测的基因调控
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FeatureExtraction,GeneExpression,GeneRegulation,NetworkInference,回归,软件,SystemsBiology,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.5.0),跑龙套,glmnet (> = 2.0.3),MotifDb(> = 1.19.17)
进口	RSQLite、RMySQL lassopv、randomForest xgboost, RPostgreSQL,方法,DBI,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38,org.Hs.eg.db,Biostrings,GenomicRanges,biomaRt,AnnotationDbi,WGCNA
链接
建议	RUnit、plyr knitr,BiocGenerics,formatR rmarkdown减价,BiocParallel,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9
SystemRequirements
增强了
URL	https://pricelab.github.io/trena/
BugReports	https://github.com/PriceLab/trena/issues
取决于我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	trena_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	trena_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	trena_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	trena_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trena
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ trena
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/trena/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trena/
包下载报告	下载数据