tradeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.tradeSeq

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tradeSeq。

trajectory-based微分表达式为测序数据分析

Bioconductor版本:3.16

tradeSeq拟合回归模型提供了一种灵活的方法,可以用来发现基因差异表达以及一个或多个血统的轨迹。基于拟合模型,它使用一个不同的测试适合回答感兴趣的问题,如发现基因的表达与拟时间有关,或者是差异表达(在一个特定地区)沿着轨迹。它符合负二项广义相加模型(GAM)对于每一个基因,并在GAM的参数进行推理。

作者:柯恩Van den Berge (aut),赫克托耳Roux de Bezieux (aut (cre)街,凯利(aut,施莱),列文克莱门特(aut,施莱),Sandrine Dudoit(施)

维修工:赫克托耳Roux de Bezieux <赫克托耳。在berkeley.edu rouxdebezieux >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tradeSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tradeSeq”)

HTML		在条件的差异表达
HTML	R脚本	单片眼镜+ tradeSeq
HTML	R脚本	更多细节和fitGAM一起工作
HTML	R脚本	tradeSeq工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,MultipleComparison,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,TimeCourse,转录组,可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	mgcv,刨边机,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,弹弓magrittr RColorBrewer,BiocParallel,Biobase,igraph pbapply ggplot2 princurve,方法,S4Vectors宠物猫,矩阵,TrajectoryUtils、冬青、matrixStats质量
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat covr,clusterExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html
BugReports	https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tradeSeq_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	tradeSeq_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	tradeSeq_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	tradeSeq_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tradeSeq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tradeSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/
包下载报告	下载数据