topGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.topGO

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅topGO

富集分析基因本体

Bioconductor版本:3.16

topGO包提供的工具测试条件而占的拓扑图形。不同的测试数据和不同的方法来消除局部相似性和条件可以实现和应用之间的依赖关系。

作者:Jorg Rahnenfuhrer Adrian Alexa

维护人员:阿德里安Alexa <艾德里安。alexa gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“topGO”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“topGO”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“topGO”)

PDF R脚本 topGO
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列,软件,可视化
版本 2.50.0
Bioconductor自 BioC 2.0 (r - 2.5)(16岁)
许可证 LGPL
取决于 R(> = 2.10.0)、方法BiocGenerics(> = 0.13.6),(> = 1.14.0),Biobase(> = 2.0.0),GO.db(> = tripwire),AnnotationDbi(> = 1.7.19)SparseM (> = 0.73)
进口 晶格,matrixStats DBI
链接
建议 所有,hgu95av2.db,hgu133a.db,genefilterxtable,,Rgraphviz,globaltest
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 BgeeDB,ccTutorial,cellTree,compEpiTools,EGSEA,理想的,maEndToEnd,moanin,tRanslatome
进口我 APL,BioMM,cellity,consICA,ExpHunterSuite,FoldGO,GOSim,GRaNIE,OmaDB,pcaExplorer,psygenet2r,transcriptogramer,ViSEAGO
建议我 FGNet,geva,IntramiRExploreR,miRNAtap,pareg,林格
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 topGO_2.50.0.tar.gz
Windows二进制 topGO_2.50.0.zip
macOS二进制(x86_64) topGO_2.50.0.tgz
macOS二进制(arm64) topGO_2.50.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topGO
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topGO
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/topGO/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/topGO/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网