stJoincount

DOI:10.18129 / B9.bioc.stJoincount

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅stJoincount。

stJoincount——加入计数统计量化空间集群之间的相关性

Bioconductor版本:3.16

stJoincount,加入统计分析的应用空间转录组数据集。这个工具转换空间映射到一个光栅对象(一个二维图像作为一个长方形矩阵或方形像素网格),在集群标记点转换为相邻像素计算分辨率。邻居的列表创建基于光栅样品,这对每个像素确定相邻和对角线的邻居。二进制空间权值添加到邻居的列表后,multi-categorical加入计数分析然后执行,允许集群的所有可能的组合配对列表。函数返回观察到的加入,预期的空间随机性数条件下,观察到预期的方差计算在非自由抽样。然后计算z分数是观察和预期之间的差异,除以方差的平方根。

作者:Jiarong歌(cre, aut)拉尼亚Bassiouni (aut),大卫·克雷格(aut)

维修工:Jiarong歌曲< songjiar usc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“stJoincount”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“stJoincount”)

HTML	R脚本	介绍stJoincount
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiocViews,聚类,软件,空间,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	图形、统计、dplyr magrittr sp,光栅,spdep, ggplot2, pheatmap, grDevices,修拉,SpatialExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Nina-Song/stJoincount
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	stJoincount_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	stJoincount_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	stJoincount_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	stJoincount_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/stJoincount
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ stJoincount
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/stJoincount/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/stJoincount/
包下载报告	下载数据