spatialHeatmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatialHeatmap

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅spatialHeatmap。

spatialHeatmap

Bioconductor版本:3.16

spatialHeatmap包提供了可视化的功能细胞,组织,瀑特异性着色的生物化验的数据对应的空间特性中定义关键解剖图像数字显示颜色。

作者:张Jianhai (aut, trl cre),约旦海耶斯(aut)、张(aut),杨必应(aut),狼Frommer (aut),茱莉亚Bailey-Serres (aut),托马斯Girke (aut)

维护人员:张Jianhai < jzhan067 ucr.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“spatialHeatmap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spatialHeatmap”)

HTML	R脚本	Co-visualizing空间与单细胞的热图嵌入的情节
HTML	R脚本	spatialHeatmap:可视化空间分析解剖图像和网络图
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,CellBasedAssays,CellBiology,聚类,DNASeq,DataRepresentation,GeneExpression,GeneTarget,GraphAndNetwork,微阵列,网络,测序,SingleCell,软件,空间,TissueMicroarray,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	BiocParallel,BiocFileCache、数据。表、dplyr刨边机,flashClust WGCNA htmlwidgets,genefilter,ggdendro ggplot2 grImport、网格gridExtra, gplots, igraph,limma、方法、矩阵rsvg闪亮,dynamicTreeCut, grDevices,图形,ggplotify,平行,阴谋,rappdirs, reshape2,嘘,天窗,食物统计数据,SummarizedExperiment,SingleCellExperimentshinydashboard,S4Vectors,宠物猫,跑龙套,visNetwork、UpSetR xml2 yaml
链接
建议	av, knitr rmarkdown,BiocStyle,BiocSingularRUnit,BiocGenerics,DESeq2,截然不同的,HDF5ArraykableExtra魔法,ExpressionAtlas,DT,Biobase,GEOquerypROC,的方式,shinyjs shinyWidgets htmltools shinyBS、可分类的
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jianhaizhang/spatialHeatmap
BugReports	https://github.com/jianhaizhang/spatialHeatmap/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spatialHeatmap_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	spatialHeatmap_2.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	spatialHeatmap_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	spatialHeatmap_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialHeatmap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spatialHeatmap
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/spatialHeatmap/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialHeatmap/
包下载报告	下载数据