这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅弹弓。
Bioconductor版本:3.16
为推断提供了函数连续,分支家族结构的低维数据。弹弓设计模型发展轨迹在单细胞RNA序列数据和作为一个组件在一个分析降维后管道和集群。它足够灵活,可以处理任意多分支事件和允许的先验知识通过监督图施工。
作者:凯利街(cre, aut cph],大卫。Risso (aut),迪亚Das (aut) Sandrine Dudoit(黑色),柯恩Van den Berge[所有],Robrecht Cannoodt[所有](
维护人员:凯利街<街。凯利在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“弹弓”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“弹弓”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“弹弓”)
HTML | R脚本 | 微分拓扑:沿着轨迹对比条件 |
HTML | R脚本 | 弹弓:轨迹为单细胞数据推理 |
参考手册 |
biocViews | 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化 |
版本 | 2.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 4.0), princurve(> = 2.0.4),统计数据,TrajectoryUtils |
进口 | 图形、grDevices igraph, matrixStats、方法S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | BiocGenerics,BiocStyle,clusterExperiment,DelayedMatrixStats,mclust knitr mgcv、RColorBrewer rgl, rmarkdown, testthat, uwot covr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/kstreet13/slingshot/issues |
取决于我 | OSCA.advanced |
进口我 | 调味品,tradeSeq,traviz |
建议我 | 鸭嘴兽,RaceID |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | slingshot_2.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | slingshot_2.6.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | slingshot_2.6.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | slingshot_2.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/弹弓 |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/slingshot/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/ |
包下载报告 | 下载数据 |