simplifyEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.simplifyEnrichment

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅simplifyEnrichment。

简化功能富集的结果

Bioconductor版本:3.16

一种新的聚类算法,“二元”,为集群相似矩阵的功能角度implemeted在这个包中。它还提供了可视化功能,总结和比较聚类。

作者:Zuguang Gu (aut (cre)

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“simplifyEnrichment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“simplifyEnrichment”)

HTML	R脚本	一个闪亮的应用交互可视化聚类结果
HTML	R脚本	简化功能富集的结果
HTML	R脚本	词云注释
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,去,GeneSetEnrichment,软件,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),BiocGenerics、网格
进口	GOSemSim,ComplexHeatmap(> =第2.7.4)、circlize GetoptLong,消化,tm,GO.db,org.Hs.eg.db,AnnotationDbi、摔、方法、线索、grDevices图形、属性、跑龙套,proxyC,矩阵,集群(> = 1.14.2),色彩,GlobalOptions (> = 0.1.0)
链接
建议	knitr、ggplot2 cowplot、mclust apcluster,制程,dbscan, igraph, gridExtra, dynamicTreeCut, testthat, gridGraphics,clusterProfilermsigdbr,剂量,DO.db,reactome.dbflexclust BiocManager,InteractiveComplexHeatmapshinydashboard(> = 0.99.11),闪亮的,可乐,hu6800.dbrmarkdown,genefiltergridtext, fpc
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/simplifyEnrichmenthttps://simplifyEnrichment.github.io
取决于我
进口我
建议我	可乐,InteractiveComplexHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	simplifyEnrichment_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	simplifyEnrichment_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	simplifyEnrichment_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	simplifyEnrichment_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplifyEnrichment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ simplifyEnrichment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/simplifyEnrichment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/simplifyEnrichment/
包下载报告	下载数据