司康饼

DOI:10.18129 / B9.bioc.scone

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅司康饼。

单细胞规范化表达数据的概述

Bioconductor版本:3.16

烤饼是一个R方案比较和排名不同单细胞RNA-seq标准化方案的性能和其他高通量分析。

作者:迈克尔·科尔(aut (cph),大卫。Risso (aut、cre cph],马特奥Borella[所有],奇亚拉Romualdi(施)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“烤饼”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“烤饼”)

HTML	R脚本	介绍烤饼
HTML	R脚本	PsiNorm正常化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,SummarizedExperiment
进口	图形、统计、跑龙套,aroma.light,BiocParallel、类集群、成分、diptest刨边机、fpc、gplots grDevices hexbin,limma,mixtools matrixStats RColorBrewer,引导,rhdf5,RUVSeqrARPACK,MatrixGenerics,SingleCellExperiment
链接
建议	BiocStyle,DT, ggplot2 knitr miniUI, NMF,阴谋,reshape2, rmarkdown,食物,scRNAseq、闪亮、testthat visNetwork、doParallel BatchJobs,飞溅,嘘kableExtra mclust,TENxPBMCData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/scone/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scone_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	scone_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scone_1.22.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scone_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scone
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/烤饼
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scone/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scone/
包下载报告	下载数据