scTensor

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTensor

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scTensor。

从单细胞检测和信息交互RNA-seq张量分解的数据集

Bioconductor版本:3.16

该算法是基于nnTensor的非负分解塔克(NTD2)。

作者:露崎引人入胜(aut (cre) Kozo Nishida (aut)

维护人员:< k.t露崎引人入胜。答案在hotmail.co.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scTensor”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scTensor”)

HTML	R脚本	scTensor
HTML	R脚本	scTensor: 1。数据格式转换和ID
HTML	R脚本	scTensor: 2。HTML报告的解释
HTML	R脚本	scTensor: 3。模拟CCI
HTML	R脚本	scTensor: 4。再分析scTensor的结果
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细节

biocViews	DimensionReduction,GeneExpression,SingleCell,软件
版本	2.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	方法、RSQLite igraph,S4Vectors情节,reactome.db,AnnotationDbi,SummarizedExperiment,SingleCellExperimentnnTensor (> = 1.1.5) ccTensor (> = 1.0.2) rTensor (> = 1.4.8) abind, plotrix,热图,tagcloud, rmarkdown,BiocStyleknitr,AnnotationHub,MeSHDbi(> = 1.29.2)grDevices、图形数据,跑龙套,异常值,类别,meshr(> = 1.99.1),GOstats,ReactomePA,剂量、蜡笔、将军、BiocManager visNetwork,schex,ggplot2
链接
建议	testthat,LRBaseDbi修,scTGIF,Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scTensor_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	scTensor_2.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	scTensor_2.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	scTensor_2.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scTensor
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scTensor
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scTensor/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scTensor/
包下载报告	下载数据