rhdf5

DOI:10.18129 / B9.bioc.rhdf5

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rhdf5。

R接口HDF5

Bioconductor版本:3.16

这个包提供了一个接口HDF5和r . HDF5之间的主要功能是存储和访问的能力非常大的和/或复杂的数据集和各种元数据海量存储器(磁盘)通过一个完全可移植文件格式。rhdf5包是适合大型和/或复杂的交换数据集之间的R和其他软件包,让R应用工作大于可用内存的数据集。

作者:贝恩德•费舍尔(aut),迈克·史密斯(aut (cre)格雷戈勒加索尔(aut),马丁•摩根(施)丹尼尔·Twisk(施)

维护人员:迈克史密斯<迈克。史密斯在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rhdf5”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rhdf5”)

HTML	R脚本	阅读HDF5文件在云端
HTML	R脚本	rhdf5为R - HDF5接口
HTML	R脚本	rhdf5实用技巧
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,软件
版本	2.42.1
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 18岁)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0.0)方法
进口	Rhdf5lib(> = 1.13.4),rhdf5filters
链接	Rhdf5lib
建议	bit64,BiocStyle微基准测试,,rmarkdown knitr testthat dplyr, ggplot2,嘲弄
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/grimbough/rhdf5
BugReports	https://github.com/grimbough/rhdf5/issues
取决于我	GSCA,HDF5Array,HiCBricks,LoomExperiment,MuData,octad
进口我	BayesSpace,BgeeCall,biomformat,bnbc,bsseq,CiteFuse,cmapR,CoGAPS,CopyNumberPlots,CRISPRseek,cTRAP,cytomapper,diffHic,DmelSGI,DropletUtils,epigraHMM,EventPointer,弗雷泽,GenomicScores,gep2pep,h5vc,HiCcompare,HiCDOC,HiContacts,电离,MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38,MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38,MethylSeqData,MOFA2,NxtIRFcore,phantasus,ptairData,ptairMS,PureCN,recountmethylation,ribor,scCB2,司康饼,signatureSearch,signatureSearchData,SpliceWiz,SpotClean,trackViewer
建议我	刨边机,rhdf5filters,SCArray,激流回旋,光谱,SummarizedExperiment,TENxIO,tximport,zellkonverter
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rhdf5_2.42.1.tar.gz
Windows二进制	rhdf5_2.42.1.zip
macOS二进制(x86_64)	rhdf5_2.42.1.tgz
macOS二进制(arm64)	rhdf5_2.42.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhdf5
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rhdf5
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rhdf5/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rhdf5/
包下载报告	下载数据