ontoProc

DOI:10.18129 / B9.bioc.ontoProc

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ontoProc。

处理本体的解剖学、细胞系、等等

Bioconductor版本:3.16

支持不同的收获生物本体,使特定的使用ontologyIndex包在凹口。我们提供关于细胞,快照关键本体术语的细胞系,化合物,解剖学,帮助公司分析实验,特别是细胞x复合屏幕。另一个目的是加强发展引人注目的新兴本体用例更丰富的接口。

作者:文森特·凯里(施,cre),Sara Stankiewicz(施)

维修工:文森特·凯里< stvjc channing.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ontoProc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“ontoProc”)

HTML	R脚本	ontoProc:一些ontology-oriented公用工程Bioconductor单细胞的焦点
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文本		新闻

细节

biocViews	去,基础设施,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0), ontologyIndex
进口	Biobase,S4Vectors、方法、统计跑龙套,BiocFileCache闪亮的,图,Rgraphviz,dplyr ontologyPlot magrittr, DT, igraph,AnnotationHub,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.dbtestthat,BiocStyle,SingleCellExperiment,celldexrmarkdown,AnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vjcitn/ontoProc
BugReports	https://github.com/vjcitn/ontoProc/issues
取决于我	SingleRBook
进口我	pogo,tenXplore
建议我	BiocOncoTK
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ontoProc_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ontoProc_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ontoProc_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ontoProc_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ontoProc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ontoProc
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ontoProc/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ontoProc/
包下载报告	下载数据