这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅octad。
Bioconductor版本:3.16
OCTAD为几乎筛选化合物提供了一个平台定位精确的癌症患者群体。的基本思想是确定药物逆转疾病的基因表达特征通过堵住vegf基因刺激弱表达。包提供了基础参考深度学习组织选择,疾病基因表达特征创建、通路富集分析,药物逆转效能得分,癌症细胞系的选择、药物在硅富集分析和验证。目前占地面积50 ~ 20000病人组织样本覆盖癌症类型,和表达谱~ 12000不同的化合物。
作者:e·契卡林(aut (cre),美国Paithankar (aut), b .曾庆红(aut), b . Glicksberg[所有],p·纽伯里(施),j .兴(施),k·刘(施),a .温家宝(施),d·约瑟夫(施),b·陈(aut)
维护人员:e·契卡林< eygen。契卡林在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“octad”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“octad”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“octad”)
HTML | R脚本 | octad |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传药理学,药物基因组学,软件 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 4.2.0)、magrittr dplyr, ggplot2,刨边机,RUVSeq,DESeq2,limma,rhdf5foreach Rfast,octad.db、统计、httrExperimentHub,AnnotationHub,Biobase,S4Vectors |
进口 | EDASeq,GSVA、数据。表、htmlwidgets情节,reshape2 grDevices跑龙套 |
链接 | |
建议 | knitr, rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | octad_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | octad_1.0.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | octad_1.0.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | octad_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/octad |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ octad |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/octad/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/octad/ |
包下载报告 | 下载数据 |