multicrispr

DOI:10.18129 / B9.bioc.multicrispr

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multicrispr。

多位点多用Crispr / ca设计

Bioconductor版本:3.16

这个包是设计Crispr / Cas9和'编辑实验。它包含的功能(1)基因组目标定义和变换,(2)找到逆电流器(4)计数offtarget (mis)比赛,和(5)计算Doench2016/2014定位效率。护理被multicrispr很好地扩展到大型目标集,使大型Crispr / Cas9库的设计。

作者:Aditya Bhagwat (aut (cre), Rene Wiegandt[所有],Mette本特森[所有],Jens Preussner(施),迈克尔·劳伦斯(施)Herve页(施),约翰Graumann[难过],马里奥Looso(悲伤,仅仅)

维护人员:Aditya Bhagwat < Aditya。在mpi-bn.mpg.de bhagwat >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multicrispr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“multicrispr”)

HTML	R脚本	genome_arithmetics
HTML	R脚本	grna_design
HTML	R脚本	prime_editing
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	自信,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,CRISPRseekdata.table,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges、ggplot2、网格karyoploteRmagrittr方法,平行,plyranges,Rbowtie网状,rtracklayer、统计、stringi tidyr tidyselect,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1,ensembldb,IRanges,魔法knitr rmarkdown testthat,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/loosolab/multicrispr
BugReports	https://github.com/loosolab/multicrispr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	multicrispr_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	multicrispr_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	multicrispr_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	multicrispr_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multicrispr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multicrispr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/multicrispr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multicrispr/
包下载报告	下载数据