microbiomeMarker

DOI:10.18129 / B9.bioc.microbiomeMarker

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅microbiomeMarker。

微生物生物标志物分析工具箱

Bioconductor版本:3.16

到目前为止,许多方法已经开发微生物标记发现基于宏基因组资料,例如LEfSe。然而,所有这些方法有自己的优点和缺点,并没有一个被认为是标准或通用。此外,不同的程序或软件可能会使用不同的编程语言的开发,甚至在不同的操作系统。在这里,我们开发了一个一体化的R包microbiomeMarker集成常用微分分析方法以及三种基于机器学习的方法,包括逻辑回归,随机森林,和支持向量机,促进微生物的识别标记。

作者:杨曹(aut (cre)

维护人员:杨曹< caoyang.name gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“microbiomeMarker”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“microbiomeMarker”)

HTML	R脚本	微生物标记识别的工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,宏基因组,微生物组,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	dplyr,phyloseq,purrr magrittr质量,跑龙套,ggplot2,宠物猫,rlang,统计,硬币,ggtree、tidytree、方法IRangestidyr拼凑,ggsignif,metagenomeSeq,DESeq2,刨边机,BiocGenerics,Biostringsyaml,biomformat,S4Vectors,Biobase,ComplexHeatmap,ANCOMBC插入符号,limma,ALDEx2,乘pROC plotROC,素食,BiocParallel
链接
建议	testthat、covr glmnet、矩阵、kernlab e1071,游侠,knitr, rmarkdown,BiocStyle,withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/yiluheihei/microbiomeMarker
BugReports	https://github.com/yiluheihei/microbiomeMarker/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	microbiomeMarker_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	microbiomeMarker_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	microbiomeMarker_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	microbiomeMarker_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/microbiomeMarker
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ microbiomeMarker
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/microbiomeMarker/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/microbiomeMarker/
包下载报告	下载数据