katdetectr

DOI:10.18129 / B9.bioc.katdetectr

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅katdetectr。

检测、鉴定和可视化的Kataegis测序数据

Bioconductor版本:3.16

Kataegis指的发生区域hypermutation和观察到的现象在各种恶性肿瘤。使用changepoint检测katdetectr旨在识别假定kataegis焦点从常见的数据格式住房基因组变异。Katdetectr已经证明是一个健壮的检测方案,描述和可视化kataegis。

作者:她女儿Hazelaar (aut (cre)、工作van Riet (aut),Harmen van de威尔(黑色)

维护人员:她女儿Hazelaar < daanhazelaar gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“katdetectr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“katdetectr”)

HTML	R脚本	Overview_katdetectr
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation,WholeGenome
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	BiocParallel(> = 1.26.2)changepoint (> = 2.2.3) changepoint。np(> = 1.0.3),将军(> = 2.0.0)dplyr (> = 1.0.8),GenomicRanges(> = 1.44.0),GenomeInfoDb(> = 1.28.4),IRanges(> = 2.26.0),maftools(> = 2.10.5)、方法(> = 4.1.3)rlang(> = 1.0.2中),S4Vectors(> = 0.30.2),宠物猫(> = 3.1.6),VariantAnnotation(> = 1.38.0),Biobase(> = 2.54.0)Rdpack (> = 2.3.1) ggplot2 (> = 3.3.5) tidyr (> = 1.2.0),BSgenome(> = 1.62.0)ggtext (> = 0.1.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 3),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38(> = 1.4.4),plyranges(> = 1.17.0)
链接
建议	尺度(> = 1.2.0)knitr (> = 1.37), rmarkdown (> = 2.13), testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/katdetectr
BugReports	https://github.com/ErasmusMC-CCBC/katdetectr/issues
取决于我
进口我
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我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	katdetectr_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	katdetectr_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	katdetectr_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	katdetectr_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/katdetectr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ katdetectr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/katdetectr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/katdetectr/
包下载报告	下载数据