infercnv

DOI:10.18129 / B9.bioc.infercnv

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅infercnv。

从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变异

Bioconductor版本:3.16

使用可视化CNV在细胞单细胞RNA-Seq表达式。

作者:盖逗(aut),待Tirosh (aut),克利斯朵夫Georgescu (aut (cre),麦克斯韦布朗(aut),布莱恩·哈斯(aut)

维护人员:克利斯朵夫Georgescu < cgeorges broadinstitute.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“infercnv”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“infercnv”)

HTML	R脚本	可视化大规模拷贝数变异单细胞RNA-Seq表达数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,CopyNumberVariation,遗传学,GenomicVariation,HiddenMarkovModel,SingleCell,软件,StatisticalMethod,StructuralVariation,转录组,VariantDetection
版本	1.14.2
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	图形、grDevices RColorBrewer gplots,徒劳的。数据记录器,跑龙套,方法、猿phyclust,矩阵,fastcluster, parallelDist, dplyr, HiddenMarkov, ggplot2,刨边机、硬币、caTools消化、RANN igraph, reshape2, rjags, fitdistrplus,未来,foreach, doParallel,修拉,BiocGenerics,SummarizedExperiment,SingleCellExperimenttidyr平行,coda、gridExtra argparse
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown knitr testthat
SystemRequirements	缺口4. x.y
增强了
URL	https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki
BugReports	https://github.com/broadinstitute/inferCNV/issues
取决于我
进口我
建议我	SCpubr
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	infercnv_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	infercnv_1.14.2.zip
macOS二进制(x86_64)	infercnv_1.14.2.tgz
macOS二进制(arm64)	infercnv_1.14.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ infercnv
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/infercnv/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/infercnv/
包下载报告	下载数据