gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gCrisprTools。

套功能汇集Crispr屏幕质量控制和分析

Bioconductor版本:3.16

的工具集来评估集中大规模筛选实验中,通常采用CRISPR磁带/ Cas9或成分表达式。包含的方法询问图书馆和磁带的行为在一个实验中,确定不同的丰富的磁带,聚合信号识别候选目标的实证验证,假设检验和全面的报告。2.0版本扩展了这些应用程序中将包括各种工具和集成信号在许多实验中,包含扩展信号浓缩方法通过“麻雀”方案,并简化许多正式的需求在interpretablity援助。

作者:拉塞尔•贝恩Dariusz Ratman,史蒂夫•Lianoglou彼得哈

维修工:拉塞尔·贝恩<俄国人。贝恩在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gCrisprTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gCrisprTools”)

HTML	R脚本	Contrast_Comparisons_gCrisprTools
HTML	R脚本	Example_Workflow_gCrisprTools
HTML	R脚本	gCrisprTools_Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CRISPR,CellBiology,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,遗传药理学,药物基因组学,PooledScreens,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,SystemsBiology,可视化
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	Biobase,limmaRobustRankAggreg ggplot2,SummarizedExperiment、网格、rmarkdown grDevices、图形的方法,ComplexHeatmap,统计,跑龙套,平行
链接
建议	刨边机knitr,AnnotationDbi,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,BiocGenericsRUnit,减价麻雀msigdbr,fgsea
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gCrisprTools_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	gCrisprTools_2.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	gCrisprTools_2.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	gCrisprTools_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gCrisprTools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/gCrisprTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
包下载报告	下载数据