easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅easyRNASeq

数为RNA-Seq数据汇总和规范化

Bioconductor版本:3.16

计算的覆盖率对基因组高通量short-reads参考和总结每特性感兴趣(如外显子、基因、成绩单)。数据规范化的“RPKM”或“DESeq”或“刨边机”包。

作者:尼古拉•Delhomme Ismael Padioleau巴斯蒂安·Schiffthaler Niklas Maehler

维修工:尼古拉斯Delhomme < nicolas.delhomme在umu.se >

从内部引用(R,回车引用(“easyRNASeq”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“easyRNASeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML R脚本 geneNetworkR
PDF R脚本 R / Bioconductor高通量序列分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件
版本 2.34.0
Bioconductor自 BioC 2.10 (r - 2.15)(11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 Biobase(> = 2.50.0),BiocFileCache(> = 1.14.0),BiocGenerics(> = 0.36.0),BiocParallel(> = 1.24.1),biomaRt(> = 2.46.0),Biostrings(> = 2.58.0),刨边机(> = 3.32.0),GenomeInfoDb(> = 1.26.0),genomeIntervals(> = 1.46.0),GenomicAlignments(> = 1.26.0),GenomicRanges(> = 1.42.0),SummarizedExperiment(> = 1.20.0)、图形IRanges(> = 2.24.0),LSD (4.1 > = 0), locfit,方法,平行,rappdirs (> = 0.3.1),Rsamtools(> = 2.6.0),S4Vectors(> = 0.28.0),ShortRead(> = 1.48.0),跑龙套
链接
建议 BiocStyle(> = 2.18.0),BSgenome(> = 1.58.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度、knitr rmarkdown, RUnit (> = 0.4.32)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 msgbsR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 easyRNASeq_2.34.0.tar.gz
Windows二进制 easyRNASeq_2.34.0.zip
macOS二进制(x86_64) easyRNASeq_2.34.0.tgz
macOS二进制(arm64) easyRNASeq_2.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ easyRNASeq
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/easyRNASeq/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
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