demuxmix

DOI:10.18129 / B9.bioc.demuxmix

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅demuxmix。

多路分解oligo-barcoded scRNA-seq数据使用混合回归模型

Bioconductor版本:3.16

一个包的多路分解单细胞测序实验池细胞贴上条形码寡核苷酸。包实现方法适合混合回归模型的概率分类细胞,包括多重态检测。多路分解可以估计错误率,和质量控制提供了方法。

作者:汉斯克莱因(aut (cre)

维护人员:汉斯克莱因< hansulrich。克莱恩在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“demuxmix”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“demuxmix”)

HTML	R脚本	多路分解细胞demuxmix
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,预处理,回归,测序,SingleCell,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	统计、质量矩阵,ggplot2 gridExtra,方法
链接
建议	BiocStylecowplot,DropletUtils,reshape2 knitr rmarkdown testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/huklein/demuxmix
BugReports	https://github.com/huklein/demuxmix/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	demuxmix_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	demuxmix_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	demuxmix_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64)	demuxmix_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/demuxmix
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ demuxmix
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/demuxmix/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/demuxmix/
包下载报告	下载数据