ccImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.ccImpute

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ccImpute。

ccImpute:基于聚类的方法推导出一个精确的、可伸缩的共识单细胞RNA-seq辍学事件数据(https://doi.org/10.1186/s12859 - 022 - 04814 - 8)

Bioconductor版本:3.16

辍学事件使低表达基因与真正的零表达式和不同的低表达在细胞相同的类型。这个问题使得任何后续下游分析困难。ccImpute是一个归责算法使用细胞相似集群建立共识转嫁最可能的辍学事件scRNA-seq数据集。ccImpute证明性能超过现有归责方法的性能同时引入最少的新的噪声以集群性能特征数据集与已知细胞身份。

作者:戈马拉克(cre, aut)

维护人员:戈Malec < mamalec iu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ccImpute”)

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文档

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HTML	R脚本	ccImpute包手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DimensionReduction,PrincipalComponent,RNASeq,SingleCell,软件,转录组
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp matrixStats,统计数据,SIMLR,BiocParallel
链接	Rcpp, RcppEigen
建议	knitr rmarkdown,BiocStylesessioninfo,scRNAseq,嘘,SingleCellExperiment、mclust testthat (> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/khazum/ccImpute/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ccImpute_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	ccImpute_1.0.2.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	ccImpute_1.0.2.tgz
macOS二进制(arm64)	ccImpute_1.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ccImpute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ccImpute
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ccImpute/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ccImpute/
包下载报告	下载数据